根據形狀分為三類，即：球菌、杆菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）。按細菌的生活方式來分類，分為兩大類：自養菌和異養菌，其中異養菌包括腐生菌和寄生菌。按細菌對氧氣的需求來分類，可分為需氧（完全需氧和微需氧）和厭氧（不完全厭氧、有氧耐受和完全厭氧）細菌。按細菌生存溫度分類，可分為喜冷、常溫和喜高溫三類。細菌的發現者：荷蘭商人安東·列文虎克。細菌很小，隻能用顯微鏡才能看見。

細菌（Bacteria）是生物的主要類群之一，屬于細菌域。細菌是所有生物中數量最多的一類，據估計，其總數約有5×10^30個。細菌的個體非常小，目前已知最小的細菌隻有0.2微米長，因此大多隻能在顯微鏡下看到它們。細菌一般是單細胞，細胞結構簡單，缺乏細胞核、細胞骨架以及膜狀胞器，例如線粒體和葉綠體。基于這些特征，細菌屬于原核生物（Prokaryota）。原核生物中還有另一類生物稱作古細菌（Archaea），是科學家依據演化關系而另辟的類别。為了區别，本類生物也被稱做真細菌（Eubacteria）。

細菌廣泛分布于土壤和水中，或者與其他生物共生。人體身上也帶有相當多的細菌。據估計，人體内及表皮上的細菌細胞總數約是人體細胞總數的十倍。此外，也有部分種類分布在極端的環境中，例如溫泉，甚至是放射性廢棄物中，它們被歸類為嗜極生物，其中最著名的種類之一是海栖熱袍菌（Thermotoga maritima），科學家是在意大利的一座海底火山中發現這種細菌的。然而，細菌的種類是如此之多，科學家研究過并命名的種類隻占其中的小部分。細菌域下所有門中，隻有約一半是能在實驗室培養的種類。

細菌的營養方式有自養及異養，其中異營的腐生細菌是生态系中重要的分解者，使碳循環能順利進行。部分細菌會進行固氮作用，使氮元素得以轉換為生物能利用的形式。細菌也對人類活動有很大的影響。一方面，細菌是許多疾病的病原體，包括肺結核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、砂眼等疾病都是由細菌所引發。然而，人類也時常利用細菌，例如乳酪及酸奶的制作、部分抗生素的制造及廢水的處理等，都與細菌有關。在生物科技領域中，細菌有也著廣泛的運用。

細菌是一種單細胞生物體，生物學家把這種生物歸入“裂殖菌類”。細菌細胞的細胞壁非常像普通植物細胞的細胞壁，但沒有葉綠素。因此，細菌往往與其他缺乏葉綠素的植物結成團塊，并被看作屬于“真菌”。細菌因為特别小而區别于其他植物細胞。實際上，細菌也包括存在着的最小的細胞。此外，細菌沒有明顯的核，而具有分散在整個細胞内的核物質。因此，細菌有時與稱為“藍綠藻”的簡單植物細胞結成團塊，藍綠藻也有分散的核物質，但它還有葉綠素。人們越來越普遍地把細菌和其他大一些的單細胞生物歸在一起，形成既不屬于植物界也不屬于動物界的一類生物，它們組成生命的第三界——“原生物界”。有些細菌是“病原的”細菌，其含義是緻病的細菌。然而，大多數類型的細菌不是緻病的，而的确常常是非常有用的。例如，土壤的肥沃在很大程度上取決于住在土壤中的細菌的活性。“微生物”，恰當地說，是指任何一種形式的微觀生命。“菌株”一詞用得更加普遍，因為它指的是任何一點小的生命，甚至是一個稍大一點的生物的一部分。例如，包含着實際生命組成部分的一個種子的那個部分就是胚芽，因此我們說“小麥胚芽”。此外，卵細胞和精子（載着最終将發育成一個完整生物的極小生命火花）都稱為“生殖細胞”。然而，在一般情況下，微生物和菌株都用來作為細菌的同義詞；而且确實尤其适用于緻病的細菌。