甲魚的整個内髒都需要去除。甲魚的内髒裡存在很多垃圾和細菌，烹饪前需要全部去除幹淨，否則不僅會影響烹饪的口感，而且還會引起身體不适，清洗幹淨後需要高溫烹饪熟透再食用。
去除甲魚内髒時，可以從裙邊底下，沿周邊割開，将蓋掀起去除，還可以用刀尖在甲魚的腹部切開十字刀口，挖出内髒去除。
清理甲魚内髒時，要把多餘的脂肪也一并清理幹淨，這樣才能更好的去除腥味，同時，甲魚的血液需要完全放幹淨，以免血液裡的寄生蟲影響人體健康。
甲魚常年在沙土裡活動，表面容易磨出一層老皮，在處理甲魚時建議将這層老皮剝幹淨，以免影響食用口感及口味。
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