真核微生物是一大類具有真正細胞核，具有核膜與核仁分化的較高等的微生物，細胞内有線粒體等較複雜的細胞結構。這類微生物包括酵母菌、黴菌、微細藻類、原生動物和大型真菌等。
酵母菌是一類單細胞的真核微生物的通俗名稱。其繁殖方式包括無性繁殖和有性繁殖。無性繁殖方式包括芽殖和裂殖。芽殖是酵母菌最普遍的繁殖方式。其過程是：成熟的母細胞在其形成芽體的部位長出芽細胞，芽細胞脫離母體，成為新的個體細胞。如果不脫離母細胞，又長出新芽，子細胞就和母細胞連接在一起，形成藕節狀或竹節狀的細胞串，稱為假菌絲或真菌絲。少數酵母以裂殖方式進行繁殖，當母細胞長到一定大小時，細胞核開始分裂，之後，在細胞中間産生一隔膜，将細胞一分為二。還有些酵母菌可形成一些無性孢子如節孢子、擲孢子、厚垣孢子等。有性繁殖則是通過形成子囊和子囊孢子。
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