梅毒螺旋體從完整的粘膜和擦傷的皮膚進入人體後，經數小時侵入附近淋巴結，2-3日經血液循環播散全身，因此，早在硬下疳出現之前就已發生全身感染及轉移性病竈，所以潛伏期的病人或早期梅毒病人血液都具有傳染性。
潛伏期長短與病原體接種的數量成反比，一般來說，每克組織中的螺旋體數目至少達107，才會出現臨床病竈，若皮内注射106的螺旋體，則常在72小時内出現病竈。給自願者接種，計算出本病半數感染量（ID50）是57個病原體，平均接種500-1000個感染的病原體即可造成發病。人和家兔的實驗接種顯示從接種到出現原發性病竈的時間很少超過6個月，在這個潛伏期内用低于治愈量的治療方案可以延緩硬下疳的發生，但是否能減少全身病變的最終發展還未肯定。
梅毒侵入人體後，經過2-3周潛伏期（稱第一潛伏期），即發生皮膚損害（典型損害為硬下疳）這是一期梅毒。發生皮膚損害後，機體産生抗體，從兔實驗性梅毒的研究證明，梅毒初期的組織學特征是單核細胞侵潤，在感染的第6天，即有淋巴細胞浸潤，13天達高峰，随之巨噬細胞出現，病竈中浸潤的淋巴細胞以T細胞為主，此時，梅毒螺旋體見于硬下疳中的上皮細胞間隙中，以及位于上皮細胞的内陷或吞噬體内，或成纖維細胞、漿細胞、小的毛細血管内皮細胞之間及淋巴管和局部淋巴結中。由于免疫的作用，使梅毒螺旋體迅速地從病竈中消除，在感染的第24天後，免疫熒光檢測未發現梅毒螺旋體的存在。螺旋體大部分被殺死，硬下疳自然消失，進入無症狀的潛伏期，此即一期潛伏梅毒。潛伏梅毒過去主要用血清試驗來檢測，現在應用基因診斷能快速、準确的檢測出來。
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