顱腦主要包括大腦、小腦、腦幹、間腦，其中大腦又稱為端腦，是人體的司令部，管轄人體的軀體活動、精神活動以及感覺行為等；腦幹和小腦位于後顱窩的位置，腦幹自上而下分為中腦、腦橋、延髓，腦幹又稱為生命中樞，對人體非常重要，因為腦幹具有管轄呼吸和循環的初級生命中樞。其中大腦分為5個腦葉，分别是額葉、頂葉、颞葉、枕葉以及内側面的島葉。間腦分為上丘腦、下丘腦、後丘腦、背側丘腦和底丘腦，背側丘腦是一個重要的結構，是感覺傳導路的重要中繼站。顱腦包括顱骨和顱骨内的腦組織。顱骨由頂骨，颞骨，枕骨，額骨，以及顱底骨構成。顱骨構成的顱腔主要作用是保護腦組織。顱内的腦組織主要包括大腦，小腦，腦幹。表面覆蓋有軟腦膜和硬腦膜，大腦分為左右兩側大腦半球，根據解剖位置又分為颞葉，枕葉，頂葉，額葉，各腦葉功能不盡相同。小腦也分左右半球。腦幹分為延髓，腦橋和中腦三部分。

顱腦磁共振可提供冠狀位、矢狀位和橫位三維的圖像，圖像清晰度高，對人體沒有放射性的損害，尤其是可以清楚的顯示腦幹、小腦及後顱窩的病變，顱腦磁共振平掃可以用于診斷腦梗死、腦炎、腦腫瘤、顱腦先天發育畸形、顱腦外傷等。腦部磁共振動脈成像可以用于診斷顱内動脈的狹窄、動脈瘤、動靜脈畸形等等。顱腦磁共振靜脈成像，可以用于診斷靜脈窦血栓或靜脈窦的狹窄。磁共振增強掃描，可以用來顯示腫瘤或炎症等病變。磁共振磁敏感成像可以用來診斷微出血，磁共振彌散張量成像可以用來診斷各種神經纖維束的損傷，比如漸凍人症的運動神經纖維的損傷，可以用彌散張量的方式來診斷。彌散成像可以用來診斷急性腦梗死和腦腫瘤，而磁共振波譜分析可以用來診斷各種腦的腫瘤。

顱腦磁共振目前在臨床上應用非常廣泛，和頭部CT相比較，對軟組織分辨率更高，尤其是對腦梗塞的早期，診斷率是非常高的。顱腦磁共振檢查結果如何閱讀，主要還是要通過專業的影像科醫生，以及臨床醫生進行解讀。需要通過觀察腦溝裂池，腦室是不是有明顯的形态異常，腦實質是不是有異常的信号等進行判斷。比如急性腦梗塞在t1wi呈低信号，t2wi呈高信号，在flair以及dwi上呈明顯的高信号。而腦部腫瘤，在顱腦磁共振上會表現為，混雜在異常信号，同時出現病竈周圍水腫。顱腦磁共振病變信号，相對來說是比較複雜的，必要時還是要結合磁共振增強掃描，才可以确定病變的具體性質。1.5T顱腦核磁共振平掃費用是468元，如果需要增強，一個月内做增強掃描費用是208元，增強還需造影劑，價格不等，200多至1000多不等，留置針留置貼及高壓注射器費用約300元左右。顱腦核磁共振檢查除了對急性期腦出血不敏感外，在其它顱腦疾病的診斷上都較其它影像學檢查具有優勢，分辨率高，可以觀察病竈波譜分析成分變化情況來明确診斷。