從前在一個村莊裡有一個名叫尼爾斯的小男孩，他的家裡養了許多小動物，他十分調皮，喜歡捉弄小動物。有一天，因為他欺負小狐仙，所以變成了拇指大的小人。之前被他欺負的動物們也都開始控訴他，雞群嘲笑他，貓欺負他，牛開始吐槽他的一舉一動，自己家的大雄鵝也要跟着雁群飛走了。為了留住大雄鵝，他騎在大雄鵝的背上，卻沒從背上掉下來，和大雄鵝開啟了一段奇妙的旅程。
起初，尼爾斯非常不受大雁們歡迎，對他都非常反感，在它們一起休息時，尼爾斯從狐狸洞口救出了一隻大雁，大雁的首領阿卡被感動了。尼爾斯從大雁口中得知，隻有帶着大雁回家才能變成人類。
後來他參加了鶴之舞表演大會，遇到了小灰雀鄧芬，幫助鵝姑娘和小馬茨脫險，這讓大雁阿卡對他的看法發生了改變，态度也發生了好轉。阿卡主動幫助尼爾斯擺脫困境，在大雁們的幫助下，尼爾斯從狡猾的狐狸身邊逃走了。
尼爾斯和大雄鵝繼續前行，在旅途中，他們經過厄蘭島幫助了小灰雀療傷。後來他們來到了一家農舍，在這裡面有一位死去的老奶奶，尼爾斯于心不忍，便幫助老奶奶辦理了喪事，一切完成之後，雁群們才繼續上路。
之後，他們在卡爾斯島上保護了羊群，在洞裡保護雄鵝莫頓。尼爾斯最後回到家裡，父母想要殺了他的夥伴，尼爾斯毫不猶豫地保護它們，小狐仙被感動了，把尼爾斯變回了原來的模樣。
尼爾斯和雁群的相處讓他從欺負動物的“壞孩子”變成了愛護動物的“好孩子”。
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