第一，兩者要求達到的處理水平不同。消毒隻要求殺滅或/和清除緻病微生物，使其數量減少到不再能引起人發病。滅菌不僅要求殺滅或/和清除緻病微生物，還要求将所有微生物全部殺滅或/和清除掉，包括非緻病微生物。 總之，消毒隻要求場所與物品達到無害化水平，而滅菌則要求達到沒有一個活菌存在。
第二，兩者選用的處理方法不同。滅菌與消毒相比，要求更高，處理更難。滅菌必須選用能殺滅抵抗力最強的微生物(細菌芽孢)的物理方法或化學滅菌劑，而消毒隻需選用具有一定殺菌效力的物理方法、化學消毒劑或生物消毒劑。将滅菌的處理方法用于消毒不僅是殺雞用牛刀沒有必要，而且還會産生本來可以不發生的副作用;而如果将消毒的處理方法用于滅菌，将會導緻滅菌失敗。
第三，應用的場所與處理的物品也不同。滅菌主要用于處理醫院中進入人體無菌組織器官的診療用品和需要滅菌的工業産品，消毒用于處理日常生活和工作場所的物品，也用于醫院中一般場所與物品的處理。
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