冬蟲夏草越新鮮質量越高越好一般條件保質期也兩三年時間過長有效成分會流失。冬蟲夏草的保存一般通過正常的幹燥方法處理後，放在通風的環境下就可以了，這樣是不會變質發黴的，如果太潮濕，可以考慮用密封袋包裝後保存在冰箱内保鮮層便可以，冰箱溫度應控制在-1~5攝氏度。
若消費者隻是購入少量冬蟲夏草備用，可将其與花椒或丹皮同放在密封的玻璃瓶中，置冰箱保鮮層中冷藏，随用随取。花椒所散發的氣味有殺蟲除菌的功效，可以包裝保存。發現受潮後，應立即晾曬。
在陽光好的時候，把散裝冬蟲夏草撒放在陽光充足的地面附近曬幹，之後，輕輕地把冬蟲夏草撿起（此時冬蟲夏草容易斷掉），裝入塑料薄膜袋子中（每千克冬蟲夏草底部平均放入200g左右花椒）後密封，放于陰涼幹燥處。氣候濕潤的地區，每30天左右檢查1次并以充足的陽光将花椒曬幹1次；氣候濕潤的地區，每20天左右檢查1次并以充足的陽光将花椒曬幹1次。開了包裝的冬蟲夏草可以用兩層防潮材料（如厚塑料袋）包裹嚴密後，放在陰涼幹燥的地方，如冰箱保溫層。這樣才可以減緩對冬蟲夏草品質的影響。
若生蟲，可用炭火微微烘焙，事後篩去害蟲蟲體與雜質。重要的是，冬蟲夏草不宜過久保存，過久則藥效降低。
對于數量較多的冬蟲夏草的保存，多采用除氧保鮮技術。研究表明，采用除氧保險養護的冬蟲夏草，在長達2年的保存期内，品質完好，無蟲蛀、無損耗。除氧保險技術有很多優點，不但冬蟲夏草粗蛋白總含量較高，而且無毒、無害，殺蟲滅菌速度徹底，不會影響冬蟲夏草的有效成分和商品質量，還方便保存于檢查，安全性強。
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