雖然将圖像分層制作較為方便，但某些時候可能需要合并一些圖層，就是把幾個圖層的内容壓縮到一個圖層中。要參與合并的層都必須處在顯示狀态。合并圖層的快捷鍵為〖CTRL E〗，在幾種情況下使用的效果也不同。
在隻選擇單個圖層的情況下，按下〖CTRL E〗将與位于其下方的圖層合并，合并後的圖層名和顔色标志繼承自原其下方的圖層，如下左圖。
在選擇了多個圖層的情況下，按下〖CTRL E〗将所有選擇的圖層合并為一層，合并後的圖層名繼承自原先位于最上方的圖層。但顔色标志不能繼承。注意CS及更早版本需要将多個圖層進行鍊接後才可進行多圖層合并，合并後的圖層名以合并前處于選擇狀态的圖層為準。
如下圖所示，原先位于下方的“face”層由于和原先位于最上方的“nose”層合并，合并後的圖層還是位于最頂層，使得兩個眼睛都被其遮擋了。由于合并圖層會造成圖層層次的改變，因此合并後需要注意圖層的層次是否正确。
除此之外，還有兩個較少用到的合并命令，是針對全部圖層的整體操作。不需要事先選擇圖層。也可以點擊圖層調闆的圓三角按鈕後選擇。
1：【圖層 合并可見圖層】〖CTRL SHIFT E〗，它的作用是把目前所有處在顯示狀态的圖層合并，在隐藏狀态的圖層則不作變動。
2：【圖層 拼合圖像】則是将所有的層合并為背景層，如果有圖層隐藏拼合時候會出現如下圖的警告框。如果按下好，原先處在隐藏狀态的層都将被丢棄。
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