機理和機制是兩個經常容易被混淆的概念，從字義上理解，機理重點在“理”上，表示原理、道理、理論等；而機制重點在“制”上，表示相互關系、條件、約束等。

“機制”一詞本義原指機器的構造和動作原理，可以從以下兩方面來解讀：一是機器由哪些部分組成和為什麼由這些部分組成；二是機器是怎樣工作的和為什麼要這樣工作的。後來“機制”被引申為有機體的構造、功能及其相互關系。“機制”由有機體喻指一個工作系統的組織機構之間相互作用的過程和方式，現在已經廣泛地應用于包括社會科學在内的各個領域，比如在很多研讨會、媒體上動辄就會談到“機制”，就是一種泛化和遷移。

“機制“通常還指使制度發揮功能的實踐，機制通過制度系統内部組成要素按照一定方式的相互作用實現其特定的功能。在此涵義下，機制的運行規則都是人為設定的，具有強烈的社會性。如，競争機制、市場機制、激勵機制等。

不同的領域有不同的運行機制。生物學、醫學通過類比借用此詞，它們的“機制”就是生物(包括人)的功能，也了解它的内在工作方式，包括有關生物結構組成部分的相互關系，以及其間發生的各種變化過程的物理、化學性質（源自：魏江，許慶瑞：企業技術創新機制的概念、内容和模式，1999年第11卷第6期，科技進步與對策）。

在社會科學中，“機制”可以表述為“在正視事物各個部分存在的前提下，協調各個部分之間關系以更好地發揮作用的具體運行方式”。在經濟學的研究，用“經濟機制”一詞來表示一定經濟機體内，各構成要素之間相互聯系和作用的關系及其功能。

理解“機制”這個概念，最主要的是要把握兩點。一是事物各個部分的存在是機制存在的前提，因為事物有各個部分的存在，就有一個如何協調各個部分之間的關系問題。二是協調各個部門之間的關系一定是一種具體的運行方式；機制是以一定的運作方式把事物的各個部分聯系起來，使它們協調運行而發揮作用的，常常暗含人為因素。

“機理”是指事物變化的理由與道理，從機理的概念分析，機理包括形成要素和形成要素之間的關系兩個方面。其原理是指為實現某一特定功能，一定的系統結構中各要素的内在工作方式以及諸要素在一定環境條件下相互聯系、相互作用的運行規則和原理。“機理”還常常用于描述自然物資的形成和發展過程。

兩者的區别在于，機制是一種體制運行或稱體系，是某框架下形成的整體,“機制”由有機體喻指一般事物，重在事物内部各部分的相互關系，一般含有人為組織因素。機理隻是一個理念或邏輯原理，由相關理論、數據及事實構成，作為機制組成的一部分，一般不含人為組織因素。

如果是分析機體系統要素間的結構、行為以及關系等，兩者可以通用。如果是在強調機體系統内部要素的運行原理，突出的是理論層面的解釋，一般使用“機理”；如果是強調系統要素對其他要素或者系統整體的影響，突出的是系統的功能發揮或規則，一般使用“機制”。（李志民，圖片源自網絡）