蒙古大汗蒙哥在四川釣魚台城下陣亡。蒙哥的屍骨未寒，他的四弟忽必烈和七弟阿裡不哥都迫不及待地搶奪蒙古國的汗位。

鎮守國都的阿裡不哥派心腹出兵關隴，向四方遣使，發布赦令，要求王公貴族回國都，為蒙哥發喪，同時參加忽裡勒台的蒙古大汗推舉。在南方的忽必烈立刻停止了對南宋的進攻，約談南宋丞相賈似道劃江而治，自己帶領親信揮師北歸。

阿裡不哥在國都和林舉辦忽裡勒台，在部分宗王擁戴下即位。但他的即位沒有得到忽必烈和他的支持者的承認，他們在開平也舉辦另一個忽裡勒台，在這裡忽必烈登上汗位。

南下的阿裡不哥和北歸的忽必烈，爆發了奪位之戰，因忽必烈念兄弟之情，不想緻阿裡不哥于死地。忽必烈每次擊潰阿裡不哥，都沒有圍殲他。戰争經曆了四年，阿裡不哥投降，最終忽必烈取得了蒙古國的統治權。

忽必烈介于兄弟相殘的教訓，考慮以中原王朝立太子為繼承人的制度，改變蒙古草原上汗位的繼承由貴族大會忽裡勒台推舉，但他不敢輕率從事。漢臣陳祐多次上書提出“太子國本，建立之計宜早”，忽必烈終于下定決心。

忽必烈首先開始改定官位制度，削弱宗親諸王的權力，由此帶來是他們在元代政治體系中的地位和作用下降。

在建立國号和一系列漢法得以實施後，忽必烈按照中原王朝的成規，立嫡長子真金為太子，正式确立了嫡傳世襲制。冊文稱：咨爾皇太子真金，仰惟太祖聖物皇帝遺訓，嫡子中有克嗣服統者，預選定之。

幾個月後，舉行“建後立儲”的典禮，授皇後以玉同寶章，授皇太子以玉冊金寶，為太子地位的鞏固提供了保障。為使太子學習和繼承曆代帝王的統治經驗，忽必烈聘請碩儒，為太子講解帝王的行事要略。

太子真金學習了曆代帝王的治國經驗，立志效法他們修身治國的作為。他禮待儒臣，深得漢儒的傾心。

但曆史發展的軌迹突然發生改變，深得忽必烈信任的王文統策劃了李璮叛亂。雖然叛亂五個月就被平定，但王文統是掌握中央行政大權的中書行章事，引起了忽必烈的高度警惕。

忽必烈對漢臣、漢将的态度發生改變，在漢臣辦理事務時，派蒙古官員監督，再配置一名職位相當的回回官員防範和牽制。

忽必烈對宗親的賞賜耗費巨大，平定諸王之亂，軍費急劇增加，導緻入不敷出，朝廷出現了财政赤字。許衡、姚樞等儒臣極力主張”輕徭薄賦，藏富于民“。

這種觀點與忽必烈擴大财政收入的想法背道而馳，對儒臣更加疏遠，以善于理财自居的回回人阿合馬順勢而上，忽必烈重用阿合馬管理朝廷财政。阿合馬在江南地區實行發鈔和藥材限制專賣政策，大大地增加了财政收入。忽必烈開始授于他政治大權。

于是在大汗忽必烈和太子真金兩人身邊聚集了政治觀點對立的漢派和回回派，雙方争鬥不止，導緻大汗和太子關系也微妙起來。儒臣不停彈劾阿合馬專權，阿合馬最終被殺，漢臣又重新占領上峰。

禦史尚文上書忽必烈，提出他年事已高，應該禅位給皇太子。奏折雖然被攔了下來，但是世上沒有不透風的牆，被阿合馬的餘黨知道了，并禀報給了忽必烈，太子得知此事非常緊張。

還好宰相從阿合馬舊案中搜集了剩餘黨羽的罪狀，先發制人，向忽必烈揭發阿合馬餘黨的罪行，立馬将阿合馬餘黨處死。

皇帝、太子間的一場大案總算被掩蓋了，受這場風波的驚擾，又擔心父皇的猜忌，太子真金不久郁郁而終。

太子死後，忽必烈數年一直不立繼承人。直到臨死的前一年，才選定已故太子的第三子鉄穆耳為皇太孫。

并且在授太子的诏書中，避開了中原王朝的嫡長子繼承制與忽裡勒台的巨大矛盾，沒有徹底否定忽裡勒台選汗制度。同時，忽必烈在選立皇太孫鉄穆耳時，并沒有像立皇太子真金時，發布诏書和授予玉冊，所以皇孫本人和他的母親事前一無所知。

作為元朝的開國皇帝如此草草立儲，使得嫡長子繼承制缺乏明确的效力。他明知自己同弟弟四年皇位之戰内耗頗大，喪失了對欽察、察合台和伊利汗國的統治。忽必烈的遊離動搖，導緻了以後元朝在皇位問題上的數次危機。

而他的後世同是草原民族的滿清皇帝雍正經曆九子奪嫡後，改革立皇儲的方法。在雍正之後，皇帝即位都很順利，避免了兄弟相殘，皇權交接平穩。

忽必烈死後，皇孫鉄穆耳有他授的皇太子寶，忽裡勒台推舉的形式還是不能廢除。鉄穆耳通過一些手段才打敗自己的哥哥甘麻剌，登上皇位。

鉄穆耳（元成宗）死後，忽必烈的曾孫海山（元武宗）則是通過血淋淋的殺戮，殺了元成宗的皇後，殺了自己的叔叔安西王阿難答才得以即位為帝。

元武宗的兒子和泰定帝的兒子因皇位發生兩都之戰，這場内戰不僅是骨肉相殘，而且差點使元朝的統治崩潰。

可見忽必烈晚年不徹底的皇位繼承制度改革，使得他的後代隻有仁宗和英宗即位較為順利，其他的即位過程不是血就是淚，實為昏聩之舉。