《寒武紀》是一部暗黑懸疑和都市偶像兩大截然不同題材結合的電視劇,這部劇主要講述了一個暗潮洶湧的世界如何用愛來突破重圍,破除黑暗,迎接陽光,打破死局的故事。故事背景主要是以南瞻島為主,一個獨立而又發達的南瞻部島,它的黑暗勢力盤根錯節,生活在島上的每個人背後都有着不為人知的身份,他們亦正亦邪,沒有好壞之分,出了這座島似乎和正常人沒什麼區别。
男主撿子他是秋門詹士禮的養子之一,戴上面具是秋門的神秘殺手臉譜,揭下面具後就化身名為撿子的無害酒吧老闆。男二李永基他是外表正義溫暖的李警官,實則是暗黑勢力的卧底,内心腹黑,他永遠相信黑暗戰勝黑暗。秋門集團詹士禮表面上是儒雅聰明掌管島上經濟命脈的企業家,實則是心狠手辣操控黑暗勢力的老大。
島上每個人都有着另一重身份,他們都在為自己的目的而僞裝着,女主唐印看似與他們格格不入,實際上她是撿子養母的女兒。唐印的冒然闖入迅速将她卷入到黑暗鬥争中,在這個紙醉金迷的南瞻部島,她與黑暗同行,但愛也會帶着她為黑暗世界引入光芒。
唐印偶然的一次闖入,她與警官李永基,秋門集團的繼承人撿子從此陷入一場充斥着金錢、欲望甚至死亡的權力遊戲中。在繁華漸欲迷人眼的南瞻部島上唐印失去了好友沈可可,她的死揭露了所有人不為人知的一面。遊船上的那次搏鬥圍堵,秋門編碼器的失蹤,沈可可的神秘失蹤,大鐘的死亡,神秘殺手臉譜的出現,唐印被作為綁架人質,她的遭遇将她背後的暗黑勢力和隐藏的危險在這一刻完全爆發出來。
唐印與撿子相識在一場搏鬥中,臉譜将她救下就消失得無蹤影,直到一次車内的情迷意亂中他們的關系更加不可收拾,唐印誤會撿子是鴨子,将身上剩下的一點錢拿給撿子,撿子對她說會負責的。後來唐印就住在撿子開的酒吧裡,他們與李永基一起調查沈可可的死亡與背後失蹤的編碼器。
沈可可的死警察懷疑是臉譜殺害的,臉譜的神秘失蹤與出現以及監控視頻中看見臉譜對沈可可的要挾,警方一緻認為臉譜就殺害兇手。後來鎖頭的意外死亡讓李永基覺得蹊跷,他從中得知撿子與鎖頭是兄弟,鎖頭是秋門集團的人,李永基懷疑起撿子,後來唐印被臉譜再次抓住,才打消撿子的嫌疑。
鎖頭假死裝扮成臉譜向唐印索要編碼器的下落,撿子為了救唐印再次以臉譜的身份救她,一場打鬥中唐印為撿子受傷,他為了博取唐印的同情和逃離警方的猜疑不惜打傷自己成為受害者。後來唐印與撿子成為警方的保護對象,以普通人的身份待在唐印身邊,協助李永基去尋找臉譜的下落。
酒後亂性的那一夜唐印誤認為自己懷孕對撿子又打又罵,而撿子一直沉溺在當爸爸的喜悅中,他對唐印愛慕的李永基說“我就要當爸爸了啊,喂,聽說過一個成語叫做"百步穿楊"嗎?”殊不知唐印被檢查出來是食物中毒。烏龍事件過後唐印遇見了詹士禮,他想從唐印身上尋找編碼器的下落,警察得知詹士禮的行蹤準備逮捕他,卻被臉譜帶回了秋門并警告詹士禮不要動唐印,不然不念過往的父子之情。
撿子是秋門詹士禮的養子,他從小就接受嚴酷的訓練,父親隻教他弱肉強食,強者為尊的思想,卻從未給過他一絲的溫情。他替父親做很多見不得光的事,麻木得想逃離秋門,但他的内心是善良的,他把這些任務當作自己對秋門應盡的責任、對父親應盡的義務。撿子曾想着完成所有任務,父親就會給他許諾過自由的生活,殊不知他的想象被無情地擊碎。
鎖頭得知撿子就是臉譜,他認為臉譜殺了自己的女人沈可可,便不念兄弟之情要殺他。鎖頭告訴撿子父親要殺他,他為了權利與财富,甚至可以殺死自己兄弟。一邊是父親,一邊是兄長,撿子不知局面為何變成這樣,深陷痛苦之中。後來李永基被唐印懷疑他濫用職權逮捕詹士禮被進行調查,隻因是為了報複秋門,公報自用。
海邊的一次追殺中,鎖頭遭受兄弟背叛,唐印帶着編碼器去找被綁架的撿子,李永基與秋門的金琳聯合利用鎖頭設的局除掉鎖頭。臉譜的出現救出了唐印,卻被金琳發現開槍殺死了鎖頭。唐印與被麻醉的臉譜乘船逃出,唐印摘下面前得知臉譜就是撿子,那個一直在暗中保護她的神秘少年,原來一直在身邊。
撿子受傷這段時間,唐印一直陪伴着他,撿子的突然離去,唐印滿地找他。唐印雖然罵他卻還是會溫柔地為撿子包紮傷口,撿子說“唐印,謝謝你,總能給我帶來溫暖。”撿子的世界從未享受過溫暖,在秋門裡勝者為王,敗者為寇,父親曾讓他們相互殘殺,隻為像選獵犬一樣選出強者。
鎖頭的死,李永基的不甘心,金琳的詭計,唐印上的編碼器,甚至秋門詹士禮的計劃無疑是一場血腥的戰争。撿子帶唐印回秋門參加鎖頭的葬禮,鎖頭希望撿子放下仇恨,不要到死了留下遺憾和愧疚。金琳一心想要摧毀秋門,她痛恨詹士禮冷血無情,她需要警方的力量不惜極力拉攏說服李永基。
詹士禮與撿子的師傅計劃着将秋門重新洗禮幹淨,撿子被詹士禮以秋門繼承人的身份宣布與明珠訂婚,詹士禮的用心良苦,撿子的不明之意。一場設計撿子的訂婚禮,盡管是詹士禮的任務,撿子不顧場内人的目光拿着戒指走向唐印的身邊說“我不想再等了,唐印,我愛你。”于是抱着唐印親吻着她,帶着她印逃離會場。
李永基看着為愛放棄一切的兩人,雖然他愛唐印卻沒有撿子的擔當,撿子愛唐印卻把她牽扯到紛亂複雜的事情中。自從他戴上臉譜後就成為了詹士禮的工具,失去了自由,他曾發誓"如果唐印有什麼閃失, 我一定讓整個南島的警察給她陪葬。"撿子為了給唐印一個安全幹淨的世界,他決定為了唐印去查明沈可可的死因。
撿子為了唐印的安全決定回秋門讓父親收回唐印身上的編碼器,詹士禮卻要撿子遵從和明珠的聯姻,便可收回編碼器。後來李永基得知唐印身上有編碼器,他綁架了唐印,金琳的出現唐印為了不讓他們得逞便把編碼器吞下。
李永基帶走了唐印,臉譜的出現以一敵十将唐印推出包圍,李永基與金琳的聯合卻遭到警察的突擊,李永基為了自保不惜背叛了金琳,沒有退路的金琳看着女兒安全的在詹士禮手上,她舉起手中的槍向自己的腦袋開了一槍,結束了她野心勃勃的一生。
李永基為了不被警方懷疑便開槍将假籌碼銷毀,并聽信詹士禮的話到金琳家銷毀證據,解除後顧之憂。鎖頭死後,詹士禮的身體越來越差,他為了把幹淨的秋門交到撿子手中一直在強撐着。詹士禮不想撿子知道他是他父親,他知道撿子是恨他的,詹士禮為了撿子從小隐瞞他的身份,一面是護了他周全,一面是讓他與其他養子一樣曆練增加能力。
在詹士禮眼中,他培養的所有人都是給撿子鋪路的,在他有生之年可以給撿子一個幹淨的秋門。撿子為了唐印與自由,他不接受詹士禮為他鋪好的路,詹士禮看着感情用事的撿子,他不惜把唐印扔下了海,李永基為了毀滅秋門,他用假編碼器開始制造大量籌碼,想要借此栽贓秋門。
失去唐印的撿子開始日漸消沉,整日在車裡喝酒,後來撿子再次戴上臉譜面具,成為冷面的殺手,他毀了秋門的賭場拿着槍指向父親,詹士禮看着撿子的成長他布局已久的計劃終于塵埃落定。他把秋門洗白交給了撿子,與管家實施計劃赴死于對方之手,撿子接手秋門後變得成熟穩重,作風淩厲,将李永基的陰謀包庇其中,目的是為了保住秋門。
李永基以唐印的安危來要挾撿子寫出秋門的罪行,唐印被李永基的人抓住,撿子為了唐印的安危答應李永基将新任廳長殺死并寫下秋門的罪行。撿子為了唐印抹殺一切危機,他可以再次戴上臉譜不惜殺人,哪怕她恨他,離開他。曾經唐印的一句"你是好人嗎?"讓撿子為了她不惜與父親對抗,撿子的世界是黑暗的,他不希望唐印來他的世界,他會以幹淨的撿子身份去到她的世界,而不是臉譜的身份。
後來李永基因醉酒駕車撞死沈可可被逮捕,面對重重的罪行他一直清醒地認為:要戰勝黑暗就要更黑暗,這樣黎明才會更快來臨。而撿子的罪行也在劫難逃,他為了保住秋門,不惜将所有罪行扛在身上,撿子被扣押的那一刻唐印不顧世俗的眼光主動的深深吻向撿子,哭着轉身離開的那一幕簡直淚崩了。撿子被警方帶走時車子突然失控,沖出圍欄掉進大海中,唐印喊着撿子的名字卻久久沒有回應,他們離别時的那一吻終究成為了生死離别。
,