一個人有23對（46條）染色體，同一對染色體同一位置上的一對基因稱為等位基因，一般一個來自父親，一個來自母親。如果檢測到某個DNA位點的等位基因，一個與母親相同，另一個就應與父親相同，否則就存在疑問了。 利用DNA進行親子鑒定，隻要作十幾至幾十個DNA位點作檢測，如果全部一樣，就可以确定親子關系，如果有3個以上的位點不同，則可排除親子關系，有一兩個位點不同，則應考慮基因突變的可能，加做一些位點的檢測進行辨别。DNA親子鑒定，否定親子關系的準确率幾近100%，肯定親子關系的準确率可達到99.99%。
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