大部分的神奇寶貝都是通過進化來獲取更加強大的力量，然而并不是所有精靈的進化都是一帆風順的。有部分精靈，他們的進化條件十分苛刻，進化的方式也非常特殊，但一旦成功進化，就能獲得強大的力量脫胎換骨。
進化石進化進化石進化也算是一種比較常見的進化方式。其中，伊布擁有最多的進化狀态，受到了很多訓練家的喜愛。而且，不同進化方式的伊布，都能獲取不同的屬性，在戰鬥中對敵人造成很好的克制作用。
親密度進化就以醜醜魚為例，可以通過親密度進化脫胎換骨，成為最美的神奇寶貝。但是，親密度進化是最難的進化方式之一，需要訓練家花費大量的心血培育，才有可能提升親密度。
合體進化目前為止，可以進行合體進化的神奇寶貝并不多。其中，最讓人印象深刻的就是呆呆獸了。如果被大舌貝咬住了頭部，就能進化成河馬王。如果被咬住了尾巴，就能進化成呆河馬，擁有兩種不同的進化形态。
羁絆進化這是隻有小智才擁有的特殊進化形式，通過與甲賀忍蛙之間的羁絆，獲得了十分強大的羁絆力量。在羁絆狀态下的甲賀忍蛙，已經擁有遠超神獸的實力了。
另外，甲賀忍蛙也是小智收服的最強精靈，雖然在聯盟決賽上輸了，也不能組織甲賀忍蛙在粉絲心中的重要地位。
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