由于人們對幽門螺杆菌的認識不足及共餐制的用餐方式，導緻了治療現狀及根除率不理想、耐藥性産生的也較多。
臨床觀察顯示，Hp根除率不理想的主要原因與人群感染Hp後對甲硝唑、克拉黴素和左氧氟沙星等常用藥物有高耐藥性有關。
經典四聯療法：
铋劑四聯（PPI、 铋劑、2種抗菌藥物）作為主要的根除Hp方案。推薦的包括經典铋劑四聯方案在内的7種方案。（詳見下表）
這種方案的根除率均可達到85% ～ 94%。铋劑的主要作用是對Hp 耐藥菌株額外地增加30%～40%的根除率。
盡管非铋劑四聯方案的伴同療法仍有可能獲得與铋劑四聯方案接近或相似的根除率。但與前者相比，選擇後者有下列優勢: 铋劑不耐藥、铋劑短期應用安全性高、治療失敗後抗菌藥物選擇餘地大。因此，除非有铋劑禁忌或已知屬于低耐藥率感染者，經驗治療根除Hp應盡可能應用铋劑四聯方案。
在用藥方案選擇不分一線和二線，上述推薦的7種铋劑四聯方案，除含左氧氟沙星的方案外（作為補救治療備選），方案不分一線和二線。所有方案中均含有PPI 和铋劑，因此選擇方案就是選擇抗菌藥物組合。根除方案中抗菌藥物組合的選擇應參考人群監測的Hp耐藥率和個人抗菌藥物使用史。無論是用于其他疾病或根除Hp治療，對曾經使用過克拉黴素、喹諾酮類藥物和甲硝唑者，其感染的Hp有潛在的耐藥可能。此外，方案的選擇應該權衡療效、費用、潛在不良反應和藥物性價比，做出個體化抉擇應用。
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