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概括）物種起源>一書中寫作

神學的阻撓，妻子的不支持，艱難的取證過程，自己的猶豫不決，都使他很晚才發表《物種起源》。

在文藝複興以及思想啟蒙之後，現代科學的理性思維已經建立起來。

達爾文的時代是十九世紀中後期，正是走出蒙昧，提倡科學的前一階段，在思想和理性上，為達爾文創立自然選擇進化論提供了思想依據。而青年時的遠遊，則為他積累了大量的實據，引發了他關于物種進化的思考并最終形成一個完整的體系。不可否認，由于當時科學不太發達，進化論存在理論缺陷，可随着科學的不斷進步，進化論已經發展成現代綜合進化論了。

其實反對進化論的目的隻有一個——引出神。現在這些反對進化論人士已經很隐晦了，不直接說神造，而是智能設計論，可物種如何出現的問題隻有兩種可能，一是自然演化，一是被創造。即使我們地球的生命是被外星人創造的，那麼外星人從哪兒來依然是一個問題，依然存在是進化還是被創造的問題，因此，考慮宇宙中的生命，依然隻存在自然演化與被創造兩種可能。

否定了進化，即自然而然地引出了創造者，如果創造者是外星人，那麼這個問題沒有得到根本解決，因此，最終隻有引出神造，才是根本目的，神在宗教那裡是不需要被創造的，這也是為什麼反進化論者基本上為宗教人士的原因，而創世說無論以何種名義作掩飾，都不會為科學研究增添絲毫有價值的東西。

達爾文又随船橫渡太平洋，經過澳大利亞，越過印度洋，繞過好望角于1836年10月回到英國。在曆時五年的環球考察中，達爾文積累了大量的資料。回國之後，他一面整理這些資料，一面又深入實踐，同時，查閱大量書籍，為他的生物進化理論尋找根據。1842年，他第一次寫出《物種起源》的簡要提綱。1859年11月達爾文經過20多年研究而寫成的科學巨著《物種起源》終于出版了。在這部書裡，達爾文旗幟鮮明地提出了“進化論”的思想，說明物種是在不斷的變化之中，是由低級到高級、由簡單到複雜的演變過程。

這部著作的問世，第一次把生物學建立在完全科學的基礎上，以全新的生物進化思想，推翻了“神創論”和物種不變的理論。《物種起源》是達爾文進化論的代表作，标志着進化論的正式确立。

《物種起源》的出版，在歐洲乃至整個世界都引起轟動。它沉重地打擊了神權統治的根基，從反動教會到封建禦用文人都狂怒了。他們群起攻之，誣蔑達爾文的學說“亵渎聖靈”，觸犯“君權神授天理，”有失人類尊嚴。