《四庫全書》囊括了中國古代的文化知識和學術成就，也是中華文明集大成的工程。可是經過學者的研究和考證，紛紛指出，這部“全書”并不全！除了任何人不能做到窮盡網羅天下的書籍這個因素外，還有不少人為的因素，即在編的過程中大興文字獄。龔自珍《詠史》雲：“避席畏聞文字獄，著書都為稻梁謀。”顯然是有感于文字獄的殘酷及對文化的破壞而作。乾隆為什麼一邊修《四庫全書》，一邊實行文化專制？

好大喜功的乾隆帝的一生确實做了許多了不起的大事，為了體現他的文治武功，決定組織大量的人力、物力、财力編纂一部超越前人的大叢書。由于此書分經、史、子、集四大部類，故稱《四庫全書》。四庫以下又分門别類，如經部分成《易》類、《書》類、《詩》類、《禮》類、《春秋》類、《孝經》類、《五經總義》類、《四書》類、《樂》類、小學類等十個門類。史部下設正史類、編年類、紀事本末類、别史類、雜史類、诏令奏議類、傳記類、史鈔類、載記類、時令類、地理類、職官類、政書類、目錄類、史評類等15個門類。子部下設儒家類、兵家類、法家類、農家類、醫家類、天文算法類、術數類、藝術類、譜錄類、雜家類、類書類、小說家類、釋家類、道家類等14個門類。集部下設楚辭類、别集類(個人的文集)、總集類(詩文的彙編或選編，如昭明太子的《文選》)、詩文評類、詞曲類等五個門類。在有些門類下又細分小目，如史部傳記類下分聖賢、名人、總錄、雜錄等目。以今日的學科分類法言之、則為經學、史學、哲學和文學。可以說《四庫全書》囊括了中國古代的文化知識和學術成就，也是中華文明集大成的工程。可是經過學者們的研究和考證，紛紛指出：全書并不全！除了任何人不能做到窮盡地網羅天下的書籍這個因素以有不少人為的因素，曾經一度是一個難解的謎。

在了解這些迷惑前先了解一些《四庫全書》的編纂情況是必要的。編纂全書的第一步是要網羅天下的書籍。為使蒐羅齊全，乾隆曾多次下求書诏，如乾隆三十八年五月十七日诏曰：“前經降旨，博采遺編，彙為四庫全書，用昭石渠美備，并以嘉惠藝林。旋據浙江、江南督撫、及兩準鹽政使等奏到購求呈送之書，已不下四五千種，并有稱藏書家願将所有舊書呈獻者，固屬踴躍奉公。尚未能深喻朕意，方今文治光昭，典籍大備，恐名山石室儲蓄尚多，用是廣為蔥蒐羅，俾無遺佚，冀以闡微補阙。所有進到各遺書，并交總裁等，同《永樂大典》内現有各種詳加核勘，分别刊鈔。擇其中罕見之書，有益于世道人心者，壽之棗梨，以廣流傳。”為了動員民間的藏書家獻書，乾隆帝規定将所獻之書經抄寫後發還原主，并表彰獻書百種以上的藏書家。各地購求和獻進的書籍一般存放在文淵閣内，經四庫館臣寫了提要後進呈乾隆帝閱鑒。乾隆帝親自将各地所獻之書決定為“應刻”、“應鈔”和“存目”三類，應刻指除了編入全書外，還要刻版印刷，應鈔即将書鈔入全書，存目指将某書的書名和提要編入全書而不編入内容。四庫館設在文淵閣，四庫館臣的隊伍龐大，由皇六子永瑢、皇八子永璇、皇十一子永瑆、大學士劉統勳、舒赫德、阿桂、于敏中等16人任正總裁，梁國治、曹秀先、劉墉、王傑等10人任副總裁，德保、莊存與等15人任總閱官，紀昀、陸錫熊等26人任總纂官。還有“武英殿提調官”、“總目協勘官”、“校勘測《永樂大典》纂修兼分校官”等各類官職，有姓名的官員總數在350人左右。

從乾隆三十七年（1772)開始，約經10年的努力，《四庫全書》編成，其後繕鈔工作又延續了數年。《四庫全書》共抄寫了七部（一說加上最初編就的正本共為八部)，分别藏于文淵閣(在紫禁城内)、文源閣(在北京圓明園内)、文津閣(在河北承德避暑山莊内)、文溯閣(在沈陽故宮内）、文彙閣(在江蘇江都）、文宗閣(在鎮江金山寺内)、文瀾閣(在杭州)。為了标明是皇家的收藏，還專門刻了藏書章，“文淵閣寶”，青白玉、方4寸，龍鈕：“文源閣寶”，青白玉，方4寸，交龍鈕；“文津閣寶”，青白玉，方3寸，龍鈕；“文溯閣寶”，青白玉，方4寸，交龍鈕。既然以上四閣有寶，另三閣也應該有藏書寶。文彙閣、文宗閣本《四庫全書》毀于鹹豐間戰火，文源閣本毀于八國聯軍炮火。文津閣本現遷藏北京圖書館。文淵閣現為浙江省圖書館，文瀾閣本曾有所毀壞，經人抄補，現藏浙江省圖書館。文溯閣現為遼甯省圖書館。文淵閣《四庫全書》于1949年前運往台灣，現已大量影印發行。文淵閣本是七部《四庫全書》中最精良的一部(實缺30卷，經部缺《四書大全》10卷、子部缺《天經或問》前集4卷、《天步真原》1卷、《天學會通》10卷、《鄧子》1卷、《公孫龍子》l卷、《尹子》l卷、《鬼谷子》1卷、集部缺《李太白集補注》1卷)。就連專供乾隆皇帝閱讀的文淵閣本也并不全，更何況其他諸本。這當然可以歸因于編纂中的失誤，或有被竊現象。

《四庫全書》不全的真正原因是專制獨裁的政治制度。在編修期間，清朝又大興文字獄，如乾隆三十九年十一月，借口屈大均的詩詞文章中有悖逆語，遂禁止将他的著作編入，還刨毀了他的墳墓。四十三年連續5起，山西學者王爾揚為作墓志銘，文中用了 “皇”字，被人告發，為山西巡撫逮捕嚴審。徐述夔在《一柱樓》詩中有悖逆語，遂戮毀他及其兒子的屍體。沈德潛為徐述夔作傳，也遭到嚴懲，雖然已死，也要毀壞他的屍體。總之，文字獄是很殘酷的，有的被處死，有的被流放，有的淪為奴隸。所謂的“悖逆語”大體上存在三種情況：一是明末清初的學者在他們的詩文中表達一定的反對滿族統治的情緒；二是有思念明朝的文句；三是在行文作詩時不避清朝的諱，如皇、玄、烨、胤等字不能随便用，不能避開時需采用缺筆或加筆的方法。當然，更多的情況是最高統治者的捕風捉影和牽強附會，如周亮工有“清風不識字，何必亂翻書”的詩句，本來隻是一種偶感：在夏日讀書時，從窗中吹來的風把正在讀的書翻亂了。可是清朝最高統治者卻以為在譏諷滿族人不識字。龔自珍《詠史》雲：“避席畏聞文字獄，著書都為稻梁謀。”顯然是因有感于文字獄的殘酷性及其對文化的破壞性而作

我們再來看毀書的實際情況。乾隆四十一年十一月十七日的上喻：“第其中有明季諸人書集，詞意抵觸本朝者，自當在銷毀之例。節經各督撫呈進，并敕館臣詳晰檢閱，朕複于進到時親加披覽，覺有不可不為區别甄核者，如錢謙益在明已居大位，又複身事本朝；而金堡、屈大均則又循迹缁流，均以不能死節，䩄顔苟活，乃托名勝國，妄肆狂狺。其人實不足齒，其書豈可複存！自應逐細查明，概行毀棄，以勵臣節，而正人心。”我們看到乾隆帝要毀書的理由雖然說得冠冕堂皇，但是本質上就是出于維護清朝的統治，維護他至高無上的尊嚴。其造成的結果卻滑稽可笑、荒誕不經，恰同無知的村婦所為。乾隆三十九年至四十七年，浙江曾進獻書籍24次，但每次都有被查出要燒毀的書。據《咫進齋叢書》所載的書目，第一次銷毀144種，軍機處奏準銷毀的書749種，浙江銷毀的164種。抽毀書181種，又抽毀40種。内有錢謙益、沈德潛、龔鼎孳、金堡的書5種。應毀的個人著作：錢謙益、金堡、王錫侯、陶煊、黎元寬、股寶山、魯之裕、石卓槐、屈大均等，一律銷毀，當然更不準編入，即使已經編入的，也要抽毀。連明末清初的一些石刻，如觸犯者、也要磨毀，被毀石碑和摩崖石刻，山東有7種、山西有14種，被毀的古籍約有2000餘種。為了使這一文化專制政策落到實處，他和親近的大臣開列了《禁毀書目》。

四庫館臣在完成了全書的編纂以後，還開列過《四庫全書未收書目》。上個世紀90年代，分别由中華書局和山東齊魯書社出版了《四庫全書禁毀書》叢書和《四庫全書未收書》叢書，挽救了乾隆帝文化專制政策造成的損失。可是有些被毀的孤本和手稿卻已無法挽回，終成遺憾。