鼻窦炎常常由病毒、細菌以及真菌感染引起，對于病毒性感染的鼻窦炎一般可在10天左右症狀緩解，而細菌引起的鼻窦炎又分為急性、複發性和慢性，常常遷延不愈，真菌性鼻窦炎較少，主要見于長期使用抗生素或者免疫狀況較差的患者。
對于考慮細菌引起的鼻窦炎，一般是需要使用抗菌藥物的，鼻窦炎常見緻病細菌以肺炎鍊球菌以及流感嗜血杆菌為主，所以選擇抗生素以對此類細菌效果較好的抗生素為首選，一般建議以β内酰胺類為主，比如阿莫西林或者一二代頭孢。
對于首選的抗菌素如果藥物不敏感，治療效果差可以進行藥敏培養，選擇上颌窦内分泌物或病變黏膜驚醒細菌培養，根據藥敏結果選擇更由針對性抗生素。
阿奇黴素主要針對的是非典型病原體或者混合感染者選擇，比如考慮有支原體、衣原體引起的鼻窦炎，它可以單用也可以與β内酰胺類抗生素合用。阿奇黴素這個藥物半衰期比較長，所以它的使用也是比較有特點的，一般以每周使用3天停湧天為一個療程，對于鼻窦炎患者來說，如果需要使用阿奇黴素一個療程可能不能治愈，需要多個療程使用抗生素。
需要注意的是非感染性的鼻窦炎，比如過敏性鼻炎與感染性鼻窦炎一些症狀相似，比如流鼻涕，打噴嚏，但過敏性鼻炎不使用抗生素，二是以對症處理或者抗過敏、抗炎治療為主，可使用吸入性的激素治療。
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