廈門大學與南開大學都是文理學科見長的高校，兩校的工科實力相當薄弱一點；雙一流A類高校，原985高校。廈大的優勢在财經類學科，其次才是理學；南開大學是理學最強，财經類學科其次。兩校在學科上有很多的相似性；具有我國非常典型老牌高校的學科設置特點，文理見長，工科薄弱；最近幾年發展的勢頭在走弱。

南開大學具有非常悠久的辦學曆史，也是名人輩出；在上過世紀也是風光無限的高校；到了本世紀以文理見長的高校發展普遍遇到瓶頸，以理工科見長的高校個個是生龍活虎的存在；這與社會發展趨勢有很大的關系。南大在學科上實力還是很強的，有6個一級國家重點學科；化學和材料學已經進入了ESI全球前1‰，還有15個學科進入ESI前1%學科；在第四輪學科評估中，獲得了14個A類學科；其中應用經濟學、化學和數學等5個學科是最高的A的學科評級；在14個學科裡面隻有一個工科評級，總體上說明了南大的優勢學科在文理上。

廈門大學在辦學底蘊上與南開還是有很多差距的；有2個學科進入了ESI全球前1‰，19個學科進入了ESI前1%學科；有5個國家一級重點學科；在第四輪學科評估中，有7個A類學科；海洋科學獲得了A 的學科評級，A類學科财經專業占據主導地位；在整過21個B 學科裡面隻有計算機、化學工程和環境工程是工科，可見該校的學科均衡度也是很差的，最近幾年高考行情也是走低的，主要還是學科結構問題。

兩校都是985高校，科研平台的建設都是不錯的；畢竟辦學底蘊還是在的，南開大學建有2個國家重點實驗室和一個國家工程試驗；27個省部級重點實驗室，廈大建有4個國家重點實驗室和一個國家工程實驗室；5個教育部重點實驗室；在科研平台上，廈大比南大要強一點，畢竟廈大有海洋科學的王牌學科；也是國家重點布局在廈大的。在近五年的國家科技三大獎上，南開大學獲得了一項自然科學一等獎和一項自然科學二等獎，這兩項大獎的含金量還是非常高的；特别是自一的含金量不是其他獎項可以比拟的；廈大的表現也不差獲得了三項自然科學二等獎，獲獎情況也是非常符合兩校的學科特點，文理學科見長的高校，領域都是自然科學獎上。

兩校的差距其實從學科設置與科研上差距還是有一點點的，但是文理科實力非常接近；南大沒有頂級的A 的學科，A類學科的數量很多；廈大雖然有一個A 學科；但是總量上偏少。兩校發展的瓶頸還是在理工科上，廈大已經拿到了集成電路學科的首批一級學科博士點；說明利用自身的位置優勢已經開始發力交叉學科的工科領域了；未來高校競争的主戰場還是在理工科上。南大目前還沒有看到在工科上的重大舉措，但是也一定會有改變的，文理科高校未來的發展會更艱難的。