細菌和真菌是自然界中常見的兩種微生物，它們與自然界的一切生物相互依存。雖然都有一個“菌”字，同屬微生物，但兩者在生物類型、結構、大小、增值方式、名稱、DNA上有着諸多不同。
在生物類型上：細菌是沒有核膜包圍形成的細胞核，屬于原核生物；而真菌是有核膜包圍形成的細胞核，屬于真核生物。
在細胞結構上：首先是細胞壁的成分不同，細菌細胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌細胞壁的主要成分是幾丁質；其次是細胞質中的細胞器組成不同，細菌隻有核糖體一種細胞器。而真菌除具有核糖體外，還有内質網、高爾基體、線粒體、中心體等多種細胞器。
在細胞大小上：原核細胞一般較小，直徑一般為1μm~10μm；真核細胞較大，直徑一般為10μm~100μm。
在增殖方式上：細菌是原核生物，為單細胞型生物，通過細胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式，為二分裂；真菌為真核生物，細胞的增殖主要通過出芽生殖和孢子生殖進行。
在名稱組成上：盡管在細菌和真菌的名稱中都有一個菌字，但細菌的名稱中一般含有球、杆、弧、螺旋等描述細菌形态的名稱；而真菌名稱中則不含有。
在染色體上：細菌沒有染色體，其DNA分子單獨存在；而真菌細胞核中的DNA與蛋白質結合在一起形成染色體。
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