荷蘭東印度公司發展東方貿易的目的，就是要把葡萄牙人趕出印度洋，把阿拉伯人和中國人趕出太平洋，然後再從西班牙手裡奪下菲律賓，而獨占整個印度、太平兩洋的東方貿易。由于東印度公司有政府的支持，所以武力強大，來勢兇猛，終于稱霸東南亞而縱橫三洋，确立了荷蘭的海上優勢和商業霸權。

荷蘭的殖民擴張

荷蘭東印度公司的初期政策，是盡量在東方各地擴展通商範圍，到處跟當地土人君主訂立商約，在各重要海港城鎮都設置商館。同時，他們為了能夠順利完成他們的通商目的，當然就必須以武力跟各競争國作戰，最後他們雖然都逐步得到了勝利，可是不久卻發現了這種做法有極大的缺陷。就是由于無限擴大商業範圍的結果，使各商館之間無法聯絡而失去了統一性。因為各地商館的負責人，往往就利用自己的職權各行其是，根本就不考慮其他商館的共同利益。因此，東印度公司當局，為了統一各商館的貿易行政，以及為了建立一支強大的武裝部隊，以對付他們的商敵西葡兩國，和向當地土人視之以兵威，于是就模仿西葡兩國的成例，而在東方設置了總督府。于是東印度公司就在1609年(明神宗萬曆三十七年)，任命彼得·博特山為東印度總督，全權負責經略東印度群島行政事宜。

日本人繪制的荷蘭東印度公司商船

彼得·博特山是在1610年12月到達爪哇島的班坦島，這時正好遇上爪哇發生亂事，于是他就暫時把總督府設在安汶島。後來到了1621年，彼得擴建雅加達城，并且沿用荷蘭本國的古名，把雅加達改稱為巴達維亞，并把總督府從安汶島遷到這裡。從此，巴達維亞就成了荷蘭經略東方的軍事根據地，占據台灣而被鄭成功打跑的荷蘭人就是由這裡總督府所派的，同時也是南洋群島獨一無二的最大貿易中心地，其繁榮幾乎可與印度的卧亞相比，所以獨立後的印度尼西亞就定雅加達為首都。

荷蘭的東印度總督，和西葡兩國的各總督不同，西班牙葡萄牙的總督是國王任命的，而荷蘭的總督則是由商人自己推薦出來的。因此，荷蘭的東印度總督，必須秉承東印度公司的十七人董事會行事。此外十七人董事會，為了能徹底監督東印度總督，又另外成立一個顧問監督機構，這就是印度會議。印度會議的議員最初是五名，1617年以後才增加到九名。他們所執掌的任務，第一人監督商業貿易，第二人監督航運交通，第三人監督海軍陸戰，第四人監督司法行政，其他則都兼任各重要殖民地長官。

荷蘭東印度公司錢币

由于十六七世紀交通的不發達，因為那時既沒有電報，也沒有電話，因而使設在荷蘭本國的十七人董事會，既不能随時指示印度會議，也不能随時下令東印度總督。例如就是在18世紀後半期，從荷蘭本國去巴達維亞，仍然需要半年以上的時間。在1769年，十七人董事會曾經懸賞1200荷蘭盾，征求能夠在五個月以内從荷蘭到巴達維亞的快速船艦，可是事實上當時根本沒有這種快速船艦。不得已，十七人董事會隻好采取原則指揮方針，就是把東印度公司的基本政策訓令給東印度總督，其他一切有關軍政、商務、殖民的細節，就都由總督獨斷獨行便宜行事。再加上九名印度會議議員之中，隻有五名是常駐在巴達維亞，其他四名則出任爪哇島以外的各島殖民官，所以對于總督也談不到周密監督，而東印度總督，都利用各種手段，來操縱印度會議議員。按照印度會議的最初規章，東印度總督的一切行政措施，必須征得印度會議全體議員的同意才能付諸實行。可是到了後來就變了樣，總督隻要在形式上詢問一下印度會議的議長，那一切重大行政措施都可馬上實行。而且東印度總督手握殖民地海陸軍大權，沒有實權的印度會議當然不被看在眼裡，例如總督經常假傳十七人董事會的命令，或者以十七人人董事會即将有命令到達為借口，來敷衍印度會議議員的監督。因而當時的荷蘭東印度總督，實際上等于是一個獨立國的專制君主。而十七人人董事會對于東印度總督的獨斷獨行也無可奈何，因為他們為了能收東印度群島的商業貿易政令的統一之效，也隻好賦予東印度總督有裁決貿易政策與軍政大事的特權。尤其要緊的是，十七人董事會坐居荷蘭本土，對于萬裡之遙的東方事務毫不理解，所以一切也隻有聽信他們自己所任命的東印度總督了。

荷蘭東方貿易敵人的西葡兩國，傳播天主教是他們定制殖民政策的重要因素之一，可是荷蘭人的殖民事業卻沒有宗教觀念介入其中。而且西葡兩國的海外殖民事業，完全是為了土地的占領和黃金珍寶的掠奪，而荷蘭人卻從來沒有這種想法，他們的海外活動完全是為了經營殖民地貿易。例如荷蘭人在海外各地的活動，從來沒有派移民建設殖民地的企圖，因為他們根本不願意定居在國外開墾土地，隻是為了經營殖民地貿易才去東方，準備一旦發财之後就立刻衣錦還鄉。所以在東印度公司的組織章程裡，沒有一項條文是關于移民或建設殖民地的。不過為了經營殖民地貿易，在各地商館也确實住了很多荷蘭人，不過這些人本質上都是商人，絕對不能稱之為殖民者。因此，東印度公司的各海外貿易機構，跟西葡兩國的殖民政策完全不同，既沒有各教會所派的傳教士，也沒有政府所派的軍事冒險家，更沒有抱着淘金思想的殖民者，而完全是一些唯利是圖的商人。

英國東印度公司武裝商船

荷蘭東印度公司為了實現獨占貿易政策，就必須把葡萄牙趕出印度洋與太平洋。正好當時的葡萄牙王國陷入一片混亂之中，不但沒有力量再積極從事殖民地的軍事征服，而且由于葡萄牙的殖民政策一向對土人進行殘酷的壓榨，所有殖民地的土人都對葡萄牙抱有極大惡感，因此凡是能夠打跑葡萄牙人的力量，不論任何國家他們都表示歡迎。在這種情形之下，荷蘭東印度公司就逐步蠶食葡萄牙殖民地。例如1461年，荷蘭人把葡萄牙人趕出馬六甲，而掌握了馬六甲海峽和巽他海峽的制海權，使馬來半島和蘇門答臘都籠罩在荷蘭人的勢力範圍下。此外，荷蘭人更從1638年到1685年的47年間，逐步把葡萄牙人趕出錫蘭島。于是西起印度洋的錫蘭島，東到太平洋的摩鹿加群島，幾乎都成為荷蘭印度公司的獨占貿易市場，葡萄牙人隻能退居帝汶島一處苟延殘喘。就是當時的西班牙，在東方也盡量避免跟荷蘭人沖突，從1663年起就放棄了菲律賓群島的貿易，而以全力去經營美洲的墨西哥殖民地。可是荷蘭的東印度公司，并不以能把西葡兩國趕出印度洋太平洋為滿足，而且還想要驅逐一切其他商業敵人，首當其沖的就是法國。當時法國在東方的勢力很微弱，1604年所創辦的法國東印度公司，在荷蘭與英國的雙重排擠下終于自消自滅，到了1628年以後就喪失了整個南洋群島的貿易權。

《布雷達條約》的簽訂代表荷蘭完全獨占東方貿易

當時荷蘭東印度公司，跟英國的競争最為激烈。例如1619年，東印度公司的巴達維亞總督簡·彼得斯·科恩曾以對待當地土人的殘酷手段來對付英國人。到了1623年，科恩聽聞英國人在陰謀策劃颠覆荷蘭人的統治，于是他就将安汶島上有嫌疑的英國人全部殺死，這就是歐洲殖民史上所謂的“安汶慘案”。接着科恩就以此為借口，把所有摩鹿加群島的英國商人全部驅逐出境，第二年的1624年，更把巴達維亞的英國商人放逐海外。在科恩總督以後，荷蘭東印度公司仍然采用排英政策。到了1667年，荷蘭更跟英國簽訂布雷達條約，英國正式承認放棄摩鹿加群島的香料貿易，而撤退到班塔木島聊以維持殘局。如此一來，幾百年來被歐洲人視為寶地的香料群島，就完全被荷蘭一國所獨霸全吞。