南京目前共有11條地鐵線在運營，分别是地鐵1号線、2号線、3号線、4号線、10号線、S1号線、S3号線、S6号線、S7号線、S8号線、S9号線。

　　地鐵1号線途經栖霞區、鼓樓區、玄武區、秦淮區、雨花台區和江甯區，共設置27座車站，分别是邁臯橋站、紅山動物園站、南京站、新模範馬路站、玄武門站、鼓樓站、珠江路站、新街口站、張府園站、三山街站、中華門站、安德門站、天隆寺站、軟件大道站、花神廟站、南京南站、雙龍大道站、河定橋站、勝太路站、百家湖站、小龍灣站、竹山路站、天印大道站、龍眠大道站、南醫大·江蘇經貿學院站、南京交院站、中國藥科大學站。

　　地鐵2号線途經建邺區、鼓樓區、秦淮區、玄武區和栖霞區，共設置30座車站，分别是魚嘴站、天保街站、青蓮街站、螺塘路站、油坊橋站、雨潤大街站、元通站、奧體東站、興隆大街站、集慶門大街站、雲錦路站、莫愁湖站、漢中門站、上海路站、新街口站、大行宮站、西安門站、明故宮站、苜蓿園站、下馬坊站、孝陵衛站、鐘靈街站、馬群站、金馬路站、仙鶴門站、學則路站、仙林中心站、羊山公園站、南大仙林校區站、經天路站。

　　地鐵3号線途經浦口區、鼓樓區、玄武區、秦淮區、雨花台區和江甯區，共設置29座車站，分别是林場站、星火路站、東大成賢學院站、泰馮路站、天潤城站、柳洲東路站、上元門站、五塘廣場站、小市站、南京站、南京林業大學·新莊站、雞鳴寺站、浮橋站、大行宮站、常府街站、夫子廟站、武定門站、雨花門站、卡子門站、大明路站、明發廣場站、南京南站、宏運大道站、勝太西路站、天元西路站、九龍湖站、誠信大道站、東大九龍湖校區站、秣周東路站。

地鐵4号線一期工程途經鼓樓區、玄武區、栖霞區和江甯區，共設置18座車站，分别是龍江站、草場門站、雲南路站、鼓樓站、雞鳴寺站、九華山站、崗子村站、蔣王廟站、王家灣站、聚寶山站、徐莊站、金馬路站、彙通路站、靈山站、東流站、孟北站、西崗桦墅站、仙林湖站。

地鐵10号線途徑浦口區、建邺區和雨花台區，線路西起雨山路站，跨越長江進入河西新城，東至安德門站，線路總長21.6千米；共設置14座車站，其中地下站13座，高架站1座。車站由西至東分别為雨山路站、文德路站、龍華路站、南京工業大學站、浦口萬彙城站、臨江.青奧體育公園站、江心洲站、綠博園站、夢都大街站、奧體中心站、元通站、中勝站、小行站、安德門站。

　　地鐵S1号線途經雨花台區和江甯區，共設置9座車站，分别是南京南站、翠屏山站、河海大學·佛城西路站、吉印大道站、正方中路站、翔宇路北站、翔宇路南站、祿口機場站、空港新城江甯站。

　　地鐵S3号線途經江甯區、雨花台區、建邺區和浦口區，共設置19座車站，分别是南京南站、景明佳園站、鐵心橋站、春江路站、賈西站、油坊橋站、永初路站、平良大街站、吳侯街站地、高廟路站、天保站、劉村站、馬騾圩站、蘭花塘站、雙垅站、石碛河站、橋林新城站、林山站、高家沖站。

南京地鐵S6号線途經南京市栖霞區、江甯區和鎮江市句容市，共設13座車站，分别是馬群站、百水橋站、東郊小鎮站、古泉站、南京猿人洞站、湯山站、泉都大街站、黃梅站、童世界站、華陽站、崇明站、句容站。

　　地鐵S7号線途經江甯區和溧水區，共設置9座車站，分别是空港新城江甯站、柘塘站、空港新城溧水站、群力站、卧龍湖站、溧水站、中山湖站、幸莊站、無想山站。

　　地鐵S8号線一期工程途經浦口區和六合區，共設置17座車站，分别是泰山新村站、泰馮路站、高新開發區站、信息工程大學站、卸甲甸站、大廠站、葛塘站、長蘆站、化工園站、六合開發區站、龍池站、雄州站、鳳凰山公園站、方州廣場站、沈橋站、八百橋站、金牛湖站。

　　地鐵S9号線途經江甯區、溧水區和高淳區，共設置6座車站，分别是翔宇路南站、銅山站、石湫站、明覺站、團結圩站、高淳站。