1、裸子植物的表面是裸露的，沒有果皮包被，例如銀杉、水杉等，而被子植物是有果皮包被的，例如我們常吃的蘋果、水蜜桃等。
2、被子植物在形态上具有不同于裸子植物所具有的孢子葉球的花；胚珠被包藏于閉合的子房内，由子房發育成果實。
3、被子植物的種子生在果實裡面，除了當果實成熟後裂開時，它的種子是不外露的，如蘋果、大豆即被子植物。裸子植物則不同，它沒有果實這一構造。它的種子僅僅被一鱗片覆蓋起來，決不會把種子緊密地包被起來。在馬尾松的枝條上，會結出許多紅棕色尖卵形的松球。
4、被子植物的主要特征是：具有根、莖、葉、花、果實、種子六種器官，種子不裸露，外面有果皮包被；裸子植物的主要特征是：具有發達的根、莖、葉，種子裸露，沒有果皮包被，裸子植物沒有花、果實這兩個器官。
5、裸子植物除少數類群外，均具有雙黃酮類化合物，常見的有穗花杉雙黃酮、西阿多黃素、銀杏黃素、枯黃素、榧黃素等。黃酮類化合物則普遍存在，常見的有懈皮素、山奈酚和楊梅樹皮素等。
而人類的大部分食物和營養來源于被子植物，不是直接地通過農作物或園藝作物如谷類、豆類、薯類、瓜果和蔬菜等，就是間接地為牧場提供牲畜所需的飼料。
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