1、現蕾期管理。現蕾期是金針菇出菇後第一個階段，這時菌絲已經生長完畢，子實體慢慢長出，這之前的管理偏向于菌絲生長，所以光照和通風都不是很強，濕度也不是很高，對菌絲生長發育是極為不利的。所以在蕾期應該定時打開透氣孔，進行一定程度的通風，增加菇房内的氧氣濃度，有利于菌體生長。同時也要增加菇房内的光照，這時因為菌體和菌絲是安全不一樣的，菌絲可以完全無光，而菌體生長需要微弱的散射光。除了光照和通風外，對濕度也需要一點的調整，這時濕度應該控制在90%以上，這樣有利于菌體生長發育。
2、馴養期管理。在現蕾後很快就會進入馴養期，這時菌體大多生長到1厘米左右，這時需要對菇房濕度進一步的調整，要控制濕度在75%左右，否則會抑制子實體的生長，造成其生長不齊。而為了對子實體進行馴養，首先要将溫度提高5度注意，等到馴養結束，也就是子實體适應後，再将溫度提升10度，這樣能加快菌體快速生長，而且生長的也會比價整齊。
3、伸長期管理。過了馴養期後就進入到出菇的最後一個階段，也就是伸長期了，這時的管理對出菇是否整齊有極大的影響，。這時子實體生長到2-3厘米左右，而且進入到生長旺盛期，為了要菌體生長的更快，可以将菌袋完全打開，以便更多的氧氣進入，促進菌體伸長，讓其生長的更加整齊。這時的溫度要控制在10度左右，濕度控制85%-90%左右，如果濕度上不去，可以通過噴灑水的發生增加，噴水量要根據菌體生長速度而定，一般中期生長較快，噴水量應該多些。為了菌體生長更快，需要對其進行弱光照射，這樣能誘導菌體拉伸，使得菌柄變得更長。
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