構成不同、審批和驗收程序不同、企業資格條件不同。
構成不同：保稅物流中心A型是批由一家法人企業設立的并經營的保稅物流服務的海關監管場所；保稅物流中心B型是指由多家保稅物流企業在空間上集中布局保稅物流的海關監管場所。
審批和驗收程序不同：稅物流中心A型應由企業申請經直屬海關審批并由直屬海關會同省級國稅，外彙管門驗收；物流中心B型由直屬海關授理審核後報海關總署審批，并由海關總署國家稅務總局和國家外彙管理局等部門組成聯合驗收小組進行驗收。
企業資格條件不同：保稅物流中心A型因主要針對大型生産型的跨國公司和大型物流企業，因而對申請設立業的資格要求較高，要求企業注冊資本量低為3000萬人民币；物流中心B型經批準設立後，對企業的入駐資格要求較低，以注冊資本為例，隻須達到5萬人民币即可。
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