行省制和郡縣制的起源不同：行省制起源于元朝，明清兩朝得到發展。郡縣制起源于春秋戰國，幾乎盛行整個封建時代。行省制和郡縣制的制度内容不同：行省制在中央設中書省，地方設行中書省，簡稱“行省”。郡是中央政府轄下的地方行政單位，其組織機構與中央政府略同，設郡守、郡尉、郡監（監禦史）。
作用不同：
行省制：加強了中央集權，鞏固了多民族國家的統一（設立數目有限的行省，代替中書省對其力所不及的地區進行管理，中央再從大局上對諸行省實施節制，提綱挈領，綱舉目張，有效加強了中央的集中管理）；行省制度的創立是中國古代地方行政制度的重大改革，是中國省制的開端。
郡縣制：使君主有效地加強了中央集權，有利于政治的安定和經濟的發展；使各諸侯國形成了中央、郡、鄉一套比較系統的行政機構，對地主階級實行集權統治起了重要的作用。
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