在第468話中，神秘的面具男以剛出生的鳴人威脅水門，在水門被迫使出飛雷神之術救走鳴人後面具男擄走了剛剛生産完的玖辛奈，在水門趕到時九尾已經從玖辛奈的體内被拽了出來。在平靜的晚上大家都沒有察覺到異樣，九尾的突然出現讓衆人猝不及防，村子瞬間一片狼藉，披上火影羽衣的水門現在要行使身為火影應盡的義務，而面具男又找上了他。
水門懷疑“面具男”可能是當年與初代火影交戰過的宇智波斑，而且是個極其危險的人物，必須阻止他。在經過兩個回合的交手後，水門分析出對手忍術的弱點并制定出克敵之策，使用飛雷神二段并以螺旋丸重創“面具男”，并在“面具男”身上留下了飛雷神術式。随後水門使用契約封印解除了“面具男”對九尾的控制，“面具男”受傷逃走。
在第469話中此時九尾仍然襲擊木葉，水門以飛雷神之術将自己和九尾帶離木葉村，同時将玖辛奈和鳴人帶至現場。水門認為“面具男”将來一定會給忍界帶來腥風血雨，為了阻止他，水門決定讓鳴人成為九尾人柱力。 将九尾的陰屬性查克拉以屍鬼封盡和自己一同封印在死神體内，陽屬性查克拉則以八卦封印封印到剛出生的鳴人體内，同時把自己和玖辛奈殘餘的查克拉一同封印入鳴人體内。在對鳴人留下最後的遺言後，水門和玖辛奈便雙雙去世。
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