1、必須在水箱中注入2/3容量的水之後，豆芽機才能通電工作。換水時應先撥掉插頭，斷開電源。
2、盛水的容器一定要保持清潔，在發完一次芽苗後一定要把豆芽機配件清洗幹淨，尤其是裡面的水泵。如果豆芽機長時間不用，一定要在清洗幹淨之後，再把豆芽機的水分擦幹存放，以免滋生細菌。
3、下面盛水的容器和上面盛豆子的容器一定要安裝好，不要有歪斜狀況的出現，這樣可能會導緻水不能正常上升。
4、室溫太低或是太高都會影響發芽。冬天氣溫太低可以選擇加溫水，但是加溫水絕對不是開水，水溫一定要控制好。夏天氣溫太高，芽苗很容易爛掉，所以要勤換水。
5、不要用廚房的抹布清潔豆芽機，因為廚房抹布上會有油，豆子碰到油容易會爛掉，所以一定要用幹淨的抹布清潔豆芽機。
6、要想芽苗長得粗一些，可以在豆芽機上面的漏水網上放幾塊小石頭壓一下。
7、先用盆泡一部分豆子，讓豆子先發出一部分芽。在盛豆子的容器下面先放一部分的幹豆子，再在幹豆子上面放發出一部分芽的豆子。這樣可以先吃上面發出芽的豆子，待上面的吃完了，下面的芽苗就又可以吃了。
8、必須用當年的新豆才能提高發芽率，一天要換一到兩次的水，冬天可以換一次，夏天要換兩次。
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