藥物一:細菌性腸炎,最好根據細菌藥物敏感試驗結果選用抗菌藥。患細菌性痢疾時,因痢疾杆菌對常用抗菌藥廣泛耐藥,一般可選用複方磺胺甲基異唑(複方新諾明)、吡哌酸、慶大黴素、丁胺卡那黴素等。
藥物二:空腸彎曲菌腸炎可用紅黴素、慶大黴素、氯黴素等治療。耶爾森氏小腸結腸炎杆菌腸炎一般應用慶大黴素、卡那黴素、複方磺胺甲基異唑、四環素、氯黴素等。沙門氏菌腸炎輕型病人可不用抗菌藥,重型病人可用氯黴素或複方磺胺甲基異唑。侵襲性大腸杆菌性腸炎用新黴素、粘菌素和慶大黴素等治療,可獲良好效果。
藥物三:阿米巴痢疾、雅爾氏鞭毛蟲和滴蟲引起的腸炎,可用甲硝哒唑(滅滴靈)治療。血吸蟲病可用吡喹酮治療。白色念珠菌腸炎以制黴菌素口服,療效較好。伴有全身性真菌感染者,則需應用二性黴素B治療。