兩所學校各有各自的長處。
南京大學，是中國第一所集教學和研究于一體的現代大學，其學脈可追溯自孫吳永安元年的南京太學。最早在中國開展現代學術研究，建立中國最早的現代科學研究實驗室，成為中國最早的以大學自治、學術自由、文理為基本兼有農工商等專門應用科、集教學和研究于一體為特征的現代大學，被譽為“東方教育的中心”，南京大學是985工程首批九所高水平大學中唯一未合并其他院校的高校，有“中國最溫和的大學”之美譽。
北京大學，誕生于1898年，初名京師大學堂，是中國近代第一所國立大學，也是最早以大學之名創辦的學校，其成立标志着中國近代高等教育的開端。北大是中國近代以來唯一以國家最高學府身份創立的學校，最初也是國家最高教育行政機關，行使教育部職能，統管全國教育。北大催生了中國最早的現代學制，開創了中國最早的文科、理科、社科、農科、醫科等大學學科，是近代以來中國高等教育的奠基者。
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