轉基因大豆與普通大豆的區别首先看形狀，非轉基因大豆的形狀是橢圓形的，有點扁。而轉基因大豆的形狀是滾圓形的。
看顔色，轉基因黃豆顔色一般都統一黃色，沒有明顯深淺變化，也沒有黃綠自然漸變；由于非轉基因黃豆有生豆到熟豆的過程中，顔色有青綠色到黃色自然變化，有個别黃豆沒有完全成熟就被收割了，這些嫩黃豆就帶點綠色和偏綠色。
看發芽縫，非轉基因大豆有明顯的發芽縫，俗稱“肚臍眼”。轉基因大豆也有發芽縫，但不明顯。因為他的肚臍眼顔色跟豆身顔色基本一樣。所以沒有明顯的異色肚臍眼。
看顆粒之間的大小，非轉基因大豆顆粒與顆粒之間的大小都不怎麼一樣。而轉基因大豆的大小都基本一樣，像一個模子刻出來一樣，沒有明顯大小區别。
看個頭大小，非轉基因黃豆一般比轉基因黃豆個頭大。
看蟲蛀。由于轉基因大豆轉入了抗蟲抗藥的基因，所以轉基因大豆通常形态整潔，幾乎看不到任何蟲蛀痕迹，而非轉基因大豆若卻很容易生蟲。
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