1、有機肥來自于植物或者動物，而複合肥來自兩種或者兩者化肥合成。
2、有機肥主要來源于植物和動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的 有毒有害物質，富含大量有益物質，包括：多種 有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在内的豐富的 營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和 生物活性，是 綠色食品生産的主要養分。
3、複合肥料是指含有兩種或兩種以上營養元素的化肥，複合肥具有養分含量高、副成分少且物理性狀好等優點，對于平衡施肥，提高肥料利用率，促進 作物的高産穩産有着十分重要的作用。但它也有一些缺點，比如它的養分比例總是固定的，而不同土壤、不同作物所需的營養元素種類、數量和比例是多樣的。因此，使用前最好進行測土，了解田間土壤的質地和營養狀況，另外也要注意和單元肥料配合施用，才能得到更好的效果。
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