1、有機磷是藍藻生長的必須因素，治理藍藻最直接最根本的辦法就是除去有機磷。
2、實行生态養殖。不用或少用殺蟲殺菌藥，可經常使用光合細菌或芽孢杆菌，調節水質，維護菌相、藻相平衡。
3、藍藻暴發時一定要雙管其下，防治結合，重點預防。首先，全池潑灑沸石粉10千克／畝，使之絮凝藍藻；第二，間隔3—4小時後推薦使用EM菌如利菌多，三環活力源抑制，同時保持水中的溶氧（底加氧2-3畝/瓶），然後使用碧水安（廈門利洋水産）解毒，用量為每瓶2畝，在殺藍藻的時候藍藻會釋放大量的藍藻毒素，防止蝦蟹中毒。注意使用微生物制劑過程中必須防止蟹池缺氧，天氣悶熱時不應使用，而使用時則應開動增氧機；第三，平衡氮磷比例，通過潑灑無機磷改變氮磷的比例，加快培育綠藻和矽藻等有益藻類快速生長成為優勢藻種來抑制藍藻生長，從而改善藍藻過度繁殖的狀況。
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