有學者論證，是因為當時自然災害，在建中都的歲月裡，淮河确實發生過大的水災，大水漫過鳳陽境内入淮的最大支流河濠河大堤，但這樣的自然災害在古代極易發生，一兩次洪水能讓一個開國君主打消念頭，其中，透過相關文史資料看，是因為明代立朝五六年後，朱元璋身邊的許多功臣都是江淮同鄉，有些人居功自傲，常有違法亂紀之事，且在朝中結黨營私，朱元璋對臣下結黨之事十分警惕，他擔心建都鳳陽後，會助長江淮集團的勢力。
後來在大臣們的提一下，朱元璋開始修建南京城牆和皇宮，這中間，周莊富翁沈萬三，助築都城三分之一，即現今南京城牆的中華門到水西門一段，到朱元璋晚年，建在燕雀湖上的皇宮出現地基下沉的現象，對于迷信風水的朱元璋來說，這是一種不祥之兆，因此又動了重新定都的念頭，1391年，朱元璋派太子朱标巡視關中尋找都城之地，太子朱标個人比較傾向于選擇西安為國都，可是第二年，朱标病逝，年近七十的朱元璋受到痛失愛子的沉重的打擊。
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