聯次不同：增值稅專用發票有四聯：第一聯為存根聯(用于留存備查)，第二聯為發票聯(用于購買方記賬)，第三聯為抵扣聯(用作購買方的扣稅憑證)，第四聯為記賬聯(用于銷售方記賬)增值稅普通發票有三聯：第一聯為存根聯，第二聯為發票聯，第三聯為記賬聯。
印制要求不同：根據新的《稅收征管法》第二十二條規定："增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制；其他發票，按照國務院主管部門的規定，分别由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票.
發票使用人不同：增值稅專用發票一般隻能由增值稅一般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，隻能經稅務機關批準後由當地的稅務機關代開：普通發票則可以由從事經營活動并辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。
内容不同：增值稅專用發票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發票所具備的内容外，還包括納稅人稅務登記号、不含增值稅金額、适用稅率、應納增值稅額等内容；普通發票中則沒有關于增值稅方面的内容。
作用不同：增值稅專用發票可以抵扣進項稅。增值稅普通發票不可以抵扣進項稅。
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