不是的。雙方存在其他經濟糾紛和非法扣押車輛是兩個法律關系。現實生活中，個人、公司間因存在經濟糾紛扣押他人與糾紛不相關的财物的事情屢有發生。如果得到财物所有者的事後同意的，不是非法扣押。如果并未經過允許，就屬于非法扣押。因此在此類案件審理當中，侵權人所提出的雙方存在經濟糾紛的辯解往往不被認可，侵權人可以另案起訴解決。所以說，雙方存在經濟糾紛，并不是扣押車輛的合法理由。
注：凡非法扣留人質、車輛、車輛牌照、貨物和當事人的有關證件的，由公安機關按照《中華人民共和國治安管理處罰條例》給予處罰。如果是交警非法扣留你的車輛，那麼要進行訴訟，求法院判令被告解除非法扣押車輛的具體行政行為，返還車輛。
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