1、品類區别。花菇嚴格意義上來說是香菇的一個品種，它的形成是在香菇生産時通過調控溫度、濕度、光照和通風等條件，改變了香菇原本的生長發育，導緻香菇菌蓋開裂，才形成花菇。因其對于生長條件較高，一旦生長條件不足就會失敗，雖然是通過香菇得來的，但是它的營養價值高和口感都是香菇的數倍，所以和香菇隔絕開，成為一個新的食用菌品種。
2、外觀區别。它們的外觀極易分辨，香菇表面光滑，個頭較少，菌蓋一般為褐色或灰色，我們日常生活中比較常見。而花菇之所以名為花菇，主要是它的菌蓋有褐白相間的花紋，曬幹之後就會形成一朵朵花，這時香菇所不具有的特點，而且它的個頭要比香菇要大，菌蓋顔色有黃色、灰色以及褐色等多種顔色。
3、生長環境區别。它們的生長環境也有很大的青年，香菇喜歡在低溫、少雨、光照充足、溫度較大的環境中，在适宜的環境下生長極快。而花菇時香菇遇到特殊的環境才形成的變異品種，它的生長條件十分苛刻，适宜生長溫度在5-22度之間，在出菇時要保持相對濕度在70%以内，以及較大的溫差變化才會形成，一旦那個條件不适宜，它就會形成失敗。
4、營養區别。香菇和花菇都含有大量的蛋白質和不飽和脂肪酸，還有多種對人體有益的營養成分，但是它們的營養價值好存在一些差異。花菇各種營養成分都要比香菇要高，而且這些成分在進入到人體後就會轉化層麥角甾醇，它能增強人體的抵抗力，預防多種疾病，還能延緩衰老，這是香菇所沒有的。
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