蝼蛄蝦洞呈Y型,上半部呈U型并有數個回轉室,洞穴最深約100厘米,有兩個開口,一為入水口,口徑較大且平坦呈現凹陷狀,另一為出水口,出水口成小火山口狀,口徑較小,且蝼蛄蝦的洞穴内壁平滑且比一般沙層緊密。
回轉室的作用因洞穴的寬度一般都較蝦體稍窄,蝼蛄蝦以發達的腹肢擺動而有效的制造水流,活水的流動除能幫助蝼蛄蝦在深洞内呼吸,也是蝼蛄蝦主要賴以攝食的方法。
蝼蛄蝦于半沙半泥之海灘挖深洞而栖,遊泳能力非常弱,它們長期躲在泥沙中,受到周圍泥沙的保護,水流太強或流動的泥沙,都不是它們能适應的環境,終年蟄居于泥沙洞中。