一、葉片的區别
石菖蒲的葉片顔色為暗綠色,呈線形,長約20-50厘米,從基部對折,中部以上均平展。而水菖蒲顔色稍淺,綠色,為劍狀線形,較長,大概90-150厘米,
二、花的區别
石菖蒲為三棱形花序,長約4-15厘米,肉穗花序為圓柱狀,上部直立或者稍彎,漸尖,花的顔色為白色。而水菖蒲花序稍微扁一點,肉穗花序近直立或者斜向上,呈狹錐狀圓柱形,花的顔色為黃綠色。
三、根莖區别
石菖蒲根部呈扁圓柱形,長約3-20厘米,直徑約0.3-1厘米,表面的顔色較深,呈灰棕色或者棕褐色。而水菖蒲根部比前者更粗大,直徑約1-1.5厘米,分枝少,顔色稍淺,最淺可至白色。