1、提取目的基因。
獲取目的基因是實施基因工程的第一步。如植物的抗病（抗病毒 抗細菌）基因，
種子的貯藏蛋白的基因，以及人的胰島素基因幹擾素基因等，都是目的基因。用鳥槍法獲得目的基因的優點是操作簡便，缺點是工作量大，具有一定的盲目性。又由于真核細胞的基因含有不表達的DNA片段，一般使用人工合成的方法。
2、目的基因與運載體結合。
将目的基因與運載體結合的過程，實際上是不同來源的DNA重新組合的過程。如果以質粒作為運載體，首先要用一定的限制酶切割質粒，使質粒出現一個缺口，露出黏性末端。然後用同一種限制酶切斷目的基因，使其産生相同的黏性末端（部分限制性内切酶可切割出平末端，擁有相同效果）。
3、将目的基因導入受體細胞。
将目的基因導入受體細胞是實施基因工程的第三步。目的基因的片段與運載體在生物體外連接形成重組DNA分子後，下一步是将重組DNA分子引入受體細胞中進行擴增。
4、目的基因的檢測和表達。
目的基因導入受體細胞後，是否可以穩定維持和表達其遺傳特性，隻有通過檢測與鑒定才能知道。這是基因工程的第四步工作。
質粒與外源DNA組合在一起形成重組質粒，并被轉入受體細胞後，就可以根據受體細胞是否具有青黴素抗性來判斷受體細胞是否獲得了目的基因。重組DNA分子進入受體細胞後，受體細胞必須表現出特定的性狀，才能說明目的基因完成了表達過程。
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