牙垢中的細菌主要是正常口腔内存在的鍊球菌、厭氧菌等。牙垢堆積到一定厚度之後，其内部緊挨牙齒表面的細菌因為與空氣隔絕開始轉入無氧呼吸。無氧呼吸在此處産生的酸不能及時被唾液沖走，因此會腐蝕琺琅質中的礦物成分，并進一步促進齲齒的形成。在牙根處堆積的牙垢也會刺激牙龈，導緻牙周炎等牙周疾病。
牙垢對牙齒的危害随其沉積時間而增強，所以應該定期清除。牙垢的質地很軟，可以用牙刷、牙膏來有效清除。一般每天早晚刷牙2次即可達到較好的效果。在牙齒之間等不容易刷到的地方可以使用牙線。洗牙可以進一步保證牙垢的徹底清除。長期沉積的牙垢在結合了唾液中的礦物質等成分後，會鈣化形成硬質的牙石。牙石一般緊密附着在牙齒表面，其去除需要由牙醫等專業人士進行。
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