1、看有無生産日期
正常液态的菌劑保質期都在一年左右。如果連生産日期都沒有，購買時就要小心了。
2、看是否區分淡、海水
硝化細菌是一種有生命的微生物，需要特定的生存環境。衆所周知，淡水魚不能在海水中生存，海水魚也不能在淡水中生存，硝化細菌也是如此。在自然界中存在着淡水型硝化細菌和海水型硝化細菌兩種類型，不能混淆使用。如果相信一些産品上所說的淡、海水通用，大家想象一下突然把淡水魚丢到海水裡會是什麼樣的情形就會明白了。
3、看菌液是什麼顔色
硝化細菌菌體呈淡黃色，制成的硝化細菌制劑通常呈白色或淡黃色。如果呈黑色，則可能是硝化細菌死亡了，或是菌劑中含有的硫酸鹽還原菌産生的硫化氫和水中的鐵離子反應生成黑色的硫化亞鐵的緣故。一些菌液呈紅色或淺紅色的菌劑通常不是硝化細菌而是光合細菌或其它制劑。
4、聞菌液的氣味
通常硝化細菌無味或略帶腥味，而不是臭的。如果硝化細菌菌劑發出非常難聞的臭味（類似臭雞蛋的味道），那就是瓶中存在着硫化氫。硫化氫是一種對魚類有害的物質，它是由硫酸鹽還原菌在厭氧條件下，将水中的硫酸鹽還原而産生的。而硝化細菌與硫酸鹽還原菌相反，是好氧菌。在硫酸鹽還原菌大量存在的環境中，必然導緻硝化細菌生長和繁殖受到抑制，從而不能起到淨化水質的作用，甚至對魚類産生毒害。
但是達到上面四條的就是好的硝化細菌了嗎？非也。這隻是硝化細菌的必要條件。即如果是真正的硝化細菌那麼就一定應該滿足上面的四條，但是反過來完全滿足上面四條的，也不見得是真正的硝化細菌。但是這四條是一個最基本的标準。如果不滿足這四條，那就不必要繼續判斷下去了。用戶也就可以考慮其它品牌的産品了。
5、判斷市售硝化細菌優劣的最直接也是最準确的方法就是測水族箱中的氨氮含量
因為硝化細菌最大的作用就是去除水中對魚有強烈毒害作用的氨氮。哪一種産品能在最短的時間清除水中的氨氮，那麼無疑這就是效果最好的硝化細菌。因為越快清除氨氮，魚就能越早的免受氨毒傷害，就越能盡快的為魚創造出一個适宜生存的健康環境。
但是此條在實際操作中存在一些技術性問題，并非每個魚友都能做到。這就需要通過其它的一些觀察來進行判斷。比如說不少魚友都有過在換水或是開缸初始時死魚的情況。如果是效果好的活菌，在換水或開缸的同時加入就不會出現這種情況，還有就是，水族箱中如果有異味的話，加入菌，并給氧，應該在24小時左右就應該清除異味的。
６、在介紹正确的判斷方法的同時不得不提幾種常見的錯誤認識
不少人經常把水清不清作為對硝化細菌好壞的一個判斷，其實這是不科學的。水不清可由多種原因造成。我會在其它的文章裡面單獨進行介紹。現在水族界有一種簡單的辦法就是添加淨水劑，以改善水質渾濁的現象。當然這是一種治标不治本的方法，即不管你是何種原因造成的渾濁，淨水劑一倒進去，問題就解決了。所以把淨水劑的效果硬要安到硝化細菌身上，這純粹是對硝化細菌的誤解。因為硝化細菌和淨水劑所起的作用是完全不同的。淨水劑是靠絮凝作用在很短的時間内，将懸浮顆粒吸附過來形成比較大的顆粒而沉澱，然後由水泵将其抽到過濾器中，達到澄清水質的作用。這樣的水雖然是清的，可是裡面的氨氮卻依然存在，對魚的毒害作用依然存在，魚該得病還得病。而硝化細菌的作用卻是将水中有毒的氨氮清除掉的，這樣的水即使不那麼清，但是魚卻不會因為氨中毒而得病或死亡。
在實際使用過程中感覺有些人說幹粉型硝化細菌比較好用，我不知道他們是用什麼方法檢測的，但是在調查時我聽過一個魚友是這麼形容一個品牌的幹粉硝化細菌的（而且這個牌子好象還很有名），“非常好使，頭一天晚上放進去，第二早上一看水象鏡子一樣。”給人的第一感覺怎麼聽怎麼不象硝化細菌，反倒象是淨水效果稍慢一些的淨水劑。
但是硝化細菌有沒有清水的作用呢？現在還沒有找到科學依據，但是在使用過程中發現的确有時候加入硝化細菌後水會比較清一些，但這也隻是硝化細菌的附屬作用，決不是使用硝化細菌的目的。而且這個時間會很長。最快也要三天之後，甚至七天，甚至更長。如果那一種硝化細菌加入到水中，水很快就變清了，那麼可以肯定它決不是單純的硝化細菌這種生物制劑了，肯定是添加了某些淨水化學成分。它的名字也應該改成“硝化細菌淨水劑”了。
還有的人說硝化細菌應該越臭越好，如果不臭的就不是硝化細菌。毫無疑問這肯定是不正确的了。因為硝化細菌本身是不臭的，那麼臭從何來？很顯然一定是制劑中有其它的雜質。在實際調查中就發現過有魚友使用臭菌生缸壁蟲的現象。可以肯定的是臭的菌一定是不好的，但是不臭的菌卻不一定全是好的。在一個市場上看到過一種不臭的菌，但是經銷商和廠家直接就告訴你了，得七、八天之後才能起作用，很顯然這不是活菌制劑，具體是什麼，在這裡面就不好說了。
所以要想達到添加硝化細菌的目的，也就是通過生物增強手段，使硝化細菌迅速出現在水族箱中，降除氨氮，并形成優勢菌群，抑制病原菌的生長，最好的辦法就是選擇不臭的活菌制劑。