特洛伊木馬簡稱“木馬”，據說這個名稱來源于希臘神話《木馬屠城記》。古希臘有大軍圍攻特洛伊城，久久無法攻下。于是有人獻計制造一隻高二丈的大木馬，假裝作戰馬神，讓士兵藏匿于巨大的木馬中，大部隊假裝撤退而将木馬擯棄于特洛伊城下。城中得知解圍的消息後，遂将“木馬”作為奇異的戰利品拖入城内，全城飲酒狂歡。到午夜時分，全城軍民盡入夢鄉，匿于木馬中的将士開秘門遊繩而下，開啟城門及四處縱火，城外伏兵湧入，部隊裡應外合，焚屠特洛伊城。後世稱這隻大木馬為“特洛伊木馬”。
如今黑客程序借用其名，有一經潛入，後患無窮之意。
完整的木馬程序一般由兩個部份組成：一個是服務器程序，一個是控制器程序。中了木馬就是指安裝了木馬的服務器程序，若你的電腦被安裝了服務器程序，則擁有控制器程序的人就可以通過網絡控制你的電腦、為所欲為，這時你電腦上的各種文件、程序，以及在你電腦上使用的帳号、密碼就無安全可言了。
木馬程序不能算是一種病毒，但越來越多的新版的殺毒軟件，已開始可以查殺一些木馬了，所以也有不少人稱木馬程序為黑客病毒。
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