藥師兜一開始是間諜的形象，是大蛇丸的手下，屬于壞人的行列，但是在結局中被洗白，最後成為了孤兒院的院長。
藥師兜是從事間諜的工作，收集各國資料為木葉村效力，但是在這期間他也一直為大蛇丸工作，中間不知出于何種原因，藥師兜被木葉村抛棄，在和鼬的戰鬥中他也說過，我和鼬為木葉村做了這麼多，沒想到換來了竟然是污名。所以說藥師兜對木葉村也有一定的仇恨。
兜在前期的劇情中幾乎是配角的形象，他看到别人一個個都有很強大的能力，自己這麼渺小，從來沒有人正眼看過自己，于是選擇了自己的道路，利用大蛇丸多年的資料，将他的細胞轉移到自身的體内，随後去了龍地洞學習了仙術。為了引發戰争，決定四處尋找屍體使用穢土轉生，還發現了宇智波斑的屍體，這是他最大的收獲。
兜這麼做的目的就是想讓大家認識到自己的存在，鼬非常清楚他的這一點，決定利用伊邪那美讓他重新認識自己的錯誤。随後在佐助受傷的時候，兜趕來救援，他已經找回了迷失的自我，解開了伊邪那美的束縛。
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