16世紀30年代,西班牙殖民者弗朗西斯科·皮薩羅征服秘魯以後,派阿爾馬格羅于1535年侵入智利。因遭印第安人襲擊,1538年逃回秘魯。1540年,皮薩羅又派巴爾迪維亞再次侵入智利,陸續建立聖地亞哥、康塞昔西翁和瓦爾迪維亞等城鎮,智利遂淪為西班牙殖民地。
此後,印第安人繼續堅持戰鬥,其中間勞坎人長期控制着比奧比奧河門南的領土,智利初由秘魯總督管轄,1778年西班牙王室設置智利都督府和檢審庭,作為智利的最高統治機構。殖民統治時期,智利經濟以農業為主,生産小麥、玉米。畜牧業也占有重要地位。西班牙殖民者侵占大片土地,推行委托監護制,強迫印第安人從事農業勞動或采掘貴重金屬。