細胞質基質是新陳代謝反應的主要場所，而細胞器,如線粒體是有氧呼吸的主要場所，葉綠體是光合作用的主要場所，核糖體是合成蛋白質的主要場所，因此它們是有區别的，但是又相互聯系，因為細胞器存在于細胞質基質中。
知識拓展
細胞質是細胞質膜包圍的除核區外的一切半透明、膠狀、顆粒狀物質的總稱。含水量約80%。細胞質的主要成分為核糖體、貯藏物、多種酶類和中間代謝物、各種營養物和大分子的單體等，少數細菌還有類囊體、羧酶體、氣泡或伴孢晶體等。
細胞質(cytoplasm)是由細胞質基質、内膜系統、細胞骨架和包涵物組成，細胞質是生命活動的主要場所。細胞質包括基質、細胞器和包含物，在生活狀态下為透明的膠狀物。基質指細胞質内呈液态的部分，是細胞質的基本成分，主要含有多種可溶性酶、糖、無機鹽和水等。細胞器是分布于細胞質内、具有一定形态、在細胞生理活動中起重要作用的結構。它包括：線粒體、葉綠體、質體，内質網、高爾基體、液泡系（溶酶體、液泡）細胞骨架（微絲、微管、中間纖維）中心粒以及周圍物質等。
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