飾演工藤新一的是小栗旬。解開許多疑難案件、做出諸多精彩推理的高中生偵探工藤新一引發了媒體注目，警視廳的目暮警部也很敬佩他。此時新一的學校決定進行3天的修學旅行。然而，在那前一天，新一收到了寫有在修學旅行中，會綁架你的某位同班同學”内容的挑戰書。同時上面還有，如果能夠守護同學的話就算你赢。如果不能，就請歸還‘高中生偵探’之名。提示是船上。”旅行的第一天，開始了1小時的湖面巡遊。
在遊覽船上乘坐的除了新一班上的30名學生，還有臨時代理班主任的老師北島慎吾、導遊西田麻衣、以及船長東邦夫和船員南田恭介。這時小蘭的好友園子暈船了，到船内的休息室休息。可是不久聽見了啪嚓”這樣猛烈的水聲，船上一片嘩然。新一等人馬上跑進休息室，并沒有園子的身影，和任何争執的痕迹。
該案由縣警調查本部調查負責人多摩川刑警推進調查會議。因為園子是鈴木财閥的女兒，所以認為索要贖金的可能性很高。學生們被困在現場附近的賓館中。極其擔心園子的事的小蘭，向在偵探事務所的父親毛利小五郎求助。這時，犯人大膽地打來了明日正午時分，會帶走另一個人”的第二次綁架的預告電話。新一全班在賓館大廳集合，封鎖全部出入口，并在多摩川刑警的指揮下，縣警嚴密警戒迎來犯罪的時刻。随後在緊張的氛圍中來到了正午，突然賓館停電了。雖然馬上就恢複了，新一身旁的小蘭卻消失了……
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