生物工程專業國内比較好的大學有如下；
1、清華大學：教師隊伍年輕，多是一流名校海歸，方向新穎前沿，創新性強，很多的管理體系、激勵制度與國際接軌，并且規模仍在不斷擴展；
2、北京大學：該校的生物醫學工程系從建系之初就緻力于在工程科學的範疇内進行生命科學和醫學的前沿研究，迅速地建立了研究生教育教學體系，并在生物醫學工程研究方面取得了重要的進展，并且擁有一支朝氣蓬勃的中青年科研隊伍；
3、浙江大學：是中國著名頂級學府之一，中國“學科最齊全”、“學生創業率最高”的大學，教學模式是基于知識、能力、素質俱佳的人才培養目标，實行寬基礎複合型人才培養和英才教育并舉的方針；
除以上學校外，國内還有中國農業大學、吉林大學、廈門大學、西安交通大學、中國科技大學、複旦大學、上海交通大學、四川大學、南京大學、南開大學、武漢大學等學校的生物工程專業都比較好。
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