完整的鮮檸檬在5~8度環境下，一般可以存放6~8個月。如果切開後一次吃不完的檸檬，可以切片放在蜂蜜中腌漬，日後拿出來泡水喝。同時也可切片放在冰糖或白糖中腌漬，也可用來泡水喝。不過兩種都要保證不要帶水，否則有可能會爛掉。
因為榨好一次用不完的檸檬汁我們可以把口封緊放入冰箱中保存，而且時間限制在3天之内，如果時間長了會造成維生素C揮發。
但是如果想儲存更久些，最好是将檸檬做成檸檬蜜;切片後放入幹燥玻璃容器中，加入蜂蜜直至完全沒過檸檬片，密封後放入冰箱裡保存。因為這種蜜能較長期保存，可以保存一個月。切記保存過程中不能接觸油脂和水。
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