根據各種蛋白酶活性部位的性質可分之為四大類： 絲氨酸蛋白酶、巯基蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、金屬蛋白酶。
絲氨酸蛋白酶：其活性中心除絲氨酸外還包括組氨酸和天冬氨酸殘基，如胰髒所分泌的各種内肽酶和與凝血、溶血纖維、補體系統有關的各種蛋白酶。
巯基蛋白酶：其活性中心除半胱氨酸外還需有組氨酸殘基參與，如植物來源的和細胞溶酶體内的某些組織蛋白酶。
天冬氨酸蛋白酶：它們的活性中心是由兩個天冬氨酸殘基所組成，如由胃膜分泌的胃蛋白酶、腎髒中的血管緊張素釋放酶及細胞溶酶體中的某些組織蛋白酶等。
金屬蛋白酶：其活性中心除金屬離子外還需有其他氨基酸殘基參與，如胰髒羧肽酶的活性中心包括鋅離子及谷氨酸、酪氨酸殘基。
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